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赵红霞铁杆木虫 (著名写手)
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[求助]
求一个MS7.0 Forcite模块往集群（redhat）提交作业的pbs脚本
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我需要往集群上提交Forcite作业（MS7.0），提交作业时遇到两种情况 （1）从网上搜的pbs脚本里虽然指定了队列（big队列），但是提交的作业都挤到第一个计算节点（small队列）。这时是可以并行的，但是由于都挤到一起了，CPU占用率低。 （2）如果我在脚本里加上mpirun，作业不并行。 两种情况下的脚本如下： （1）全部作业挤到第一个节点的pbs脚本如下： #!/bin/sh ################### #PBS -N 2p5 #PBS -l nodes=2:ppn=10 #PBS -q big #PBS -V #PBS -S /bin/bash ################### source /opt/intel/impi/5.0.2.044/bin64/mpivars.sh export LD_LIBRARY_PATH=/home/msi/Accelrys/LicensePack/linux/lib:$LD_LIBRARY_PATH export ACCELRYS_LIC_PACK_DIR=/home/msi/Accelrys/LicensePack cd $PBS_O_WORKDIR /home/msi/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/Scripting/bin/RunMatScript.sh -np 10 2p5 rm -f *.pid exit 0 （2）在RunMatScript.sh的前面加上mpirun，作业不并行的pbs脚本如下： #!/bin/sh ################### #PBS -N 2p5 #PBS -l nodes=2:ppn=10 #PBS -q big #PBS -V #PBS -S /bin/bash ################### source /opt/intel/impi/5.0.2.044/bin64/mpivars.sh export LD_LIBRARY_PATH=/home/msi/Accelrys/LicensePack/linux/lib:$LD_LIBRARY_PATH export ACCELRYS_LIC_PACK_DIR=/home/msi/Accelrys/LicensePack cd $PBS_O_WORKDIR NP=`cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l` /home/msi/Accelrys/MaterialsStudio7.0/bin/mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE -np 20 /home/msi/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/Scripting/bin/RunMatScript.sh 2p5 rm -f *.pid exit 0 请各位大侠只招。先谢谢了。 |
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赵红霞
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