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czy2010新虫 (初入文坛)
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[求助]
全基因组甲基化测序比对率低的问题
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| 小硕一枚，刚接手一个课题，自己从RNAlater冻存的鲤鱼肝组织提取全基因组DNA，然后甲基化建库、测序，跟鲤鱼的基因组比较，前期的2个G的数据经过质检比对后，比对率只有30%，后来调整参数，也只能达到32%的mapping efficiency，后来实在找不到原因，又让公司加测了2个G，后面一次的质量很好，但是比对率也只有45%。不知道什么原因的情况下不敢进一步测序，而且样品组织有限，轻易不敢重新提取DNA建库。组织样品是13年的，用RNAlater -80°保存的，请有经验的前辈帮忙分析是什么原因？金币不多，谢谢了！ |
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