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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » SSR重复性不好
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ks15pyqiii

铜虫 (初入文坛)

[交流] SSR重复性不好

我的试验重复性不好，我做的是SSR引物的筛选，把其它物种上SSR的引物应用到泡桐上，筛选出来一些条带清晰的引物，但同一对引物同一条件下有时扩增出条带数不一致，有时无产物。小妹快毕业了，急啊！请高手指教！
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1楼 2008-10-19 18:29:15
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天涯海角

木虫 (著名写手)

害群之牛
ssr的稳定性应该不错，你最好换一台pcr仪，试一试，因为我也遇到过这种情况，我当时是pcr仪器不稳定的问题，当然分子标记许多重复性不是很好！
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井底之蛙也可笑看天下
2楼2008-10-19 19:04:21
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jbhu220

铁杆木虫 (职业作家)
这种情况不应该是PCR仪的问题，我原来用进口的，现在用国产的，效果都还不错。可能是反应体系的问题。1，反应体系最好用一般化的，各物质的浓度不能过高过低；2，提高TM值，一般在55度或以上；如带条较小<100bp，可用10~12%变性聚丙烯酰胺
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3楼2008-10-20 11:01:48
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ks15pyqiii

铜虫 (初入文坛)
谢谢一楼二楼的朋友！
我用的PCR仪是德国Biometra的，两台是同一型号的，差别应该很小吧？我试过用同一台PCR仪也不稳定。我用的是降落PCR，TM值从65度到55度，条带都很清晰，都在100bp左右，用6%的变性聚丙烯酰胺就可以检测的到。我在同一次 试验中的重复是一致的，在两次试验中重复有时就有差异了，会不会是我加的体系不准确啊？我用的是PCR版，先把模板等相同的成分全部在加样槽里混匀后再加到PCR板里，最后逐个加引物。没有再混匀也没离心，会不会有影响啊？还有我用这种方法筛选出来的引物会不会本身就不稳定，容易引起错配啊？
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4楼2008-10-20 18:27:26
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