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yumibaobao

新虫 (初入文坛)

[求助] 基因组中预测一类酶 已有1人参与

求助大神们,本人刚刚进行了一株真菌的全基因组测序,注释后得到了预测的所有基因及其编码的蛋白,现在想从这些蛋白中寻找所有可能的倍半萜合成酶,要怎么做啊?有没有网站或者软件可以做到啊?
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黑藻先生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
以你测序的蛋白当做database,找一个/些已知的你要的酶的序列,做本地BLAST。
2楼2016-03-18 18:24:16
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金家女王

铁虫 (小有名气)

不好意思  我想问一下  做真菌全基因测序的时候  survey的结果有什么用吗  还是只是能够得到基因的大小  GC百分比这样的基础的东西  为后续精细图做铺垫?
3楼2016-05-09 21:04:37
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yumibaobao

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 金家女王 at 2016-05-09 21:04:37
不好意思  我想问一下  做真菌全基因测序的时候  survey的结果有什么用吗  还是只是能够得到基因的大小  GC百分比这样的基础的东西  为后续精细图做铺垫?

只看结果的话是这样的,后续的分析挖掘都要有一些软件网站数据库来完成
4楼2016-05-10 13:01:26
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金家女王

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yumibaobao at 2016-05-10 13:01:26
只看结果的话是这样的,后续的分析挖掘都要有一些软件网站数据库来完成...

那是不是我们自己分析非常麻烦  应该让公司继续进行分析呢?
5楼2016-05-10 18:31:04
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biosci

捐助贵宾 (知名作家)


倍半萜合成酶可以预测出来的,然后可以用工业酿酒酵母进行表达,获得药用萜类产物

发自小木虫Android客户端
6楼2016-05-10 21:10:32
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