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dolphin100木虫 (正式写手)
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[交流]
【讨论】在做分子动力学过程中,从轨迹中如何挖掘出东西!说说大家各自想法
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不知道大家对轨迹分析有什么高招, 呵呵, 我觉得MD最关键就是数据处理, 如何能把轨迹数据挖掘好! 欢迎交流沟通!说说大家各自想法! [search]动力学轨迹分析[/search] [ Last edited by dolphin100 on 2008-10-19 at 22:44 ] |
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5楼2008-10-17 15:36:56
gwdavid
木虫 (著名写手)
小木虫散兵坑坑长
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2楼2008-10-17 09:44:43
imation
铁杆木虫 (正式写手)
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灯塔守望者(金币+2,VIP+0):谢谢支持小木虫
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请lei0736具体讲讲如何利用轨迹得到扩散系数 我曾经严格按照tutorial里面的那篇参考论文模拟了气体分子在PDMS中的扩散，可是改变参数，比如重复单元数、气体分子数、链条数、模拟时间等，当然改动一个参数的时候另外的保持不变，我做了一系列的计算，比如气体分子数目，文章中是4个，我尝试了4，6，8，10，12，可是得出的结果完全没有规律性，其他的也是如此，所以我都没把握算其他的了 另外，tutorial里面说只适合小分子，比如气体的扩散，不适用于溶剂分子在高分子中的扩散。请大家谈谈如何做溶剂分子，比如十氢萘、石蜡油等一类比较大的溶剂分子，在高分子中的扩散。 |
4楼2008-10-17 11:30:55
dolphin100
木虫 (正式写手)
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- 专业: 生物大分子结构与功能
6楼2008-10-17 22:39:07
5