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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【讨论】在做分子动力学过程中,从轨迹中如何挖掘出东西!说说大家各自想法
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dolphin100

木虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】在做分子动力学过程中,从轨迹中如何挖掘出东西!说说大家各自想法

不知道大家对轨迹分析有什么高招, 呵呵, 我觉得MD最关键就是数据处理, 如何能把轨迹数据挖掘好! 欢迎交流沟通!说说大家各自想法!
[search]动力学轨迹分析[/search]

[ Last edited by dolphin100 on 2008-10-19 at 22:44 ]
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Constanteffortscanyieldsuresuccess!
1楼 2008-10-17 01:19:42
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
我只会看一下能量是否已稳定了啊，通过画出他们的graph，如势能随时间变化，大家说说自己的！
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2008-10-17 09:44:43
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
扩散系数 频率
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3楼2008-10-17 10:48:40
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imation

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
灯塔守望者(金币+2,VIP+0):谢谢支持小木虫
请lei0736具体讲讲如何利用轨迹得到扩散系数

我曾经严格按照tutorial里面的那篇参考论文模拟了气体分子在PDMS中的扩散，可是改变参数，比如重复单元数、气体分子数、链条数、模拟时间等，当然改动一个参数的时候另外的保持不变，我做了一系列的计算，比如气体分子数目，文章中是4个，我尝试了4，6，8，10，12，可是得出的结果完全没有规律性，其他的也是如此，所以我都没把握算其他的了

另外，tutorial里面说只适合小分子，比如气体的扩散，不适用于溶剂分子在高分子中的扩散。请大家谈谈如何做溶剂分子，比如十氢萘、石蜡油等一类比较大的溶剂分子，在高分子中的扩散。
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4楼2008-10-17 11:30:55
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shaoqingfly

铁虫 (初入文坛)
★ ★
spur(金币+2,VIP+0):3Q!谢谢帮助！欢迎常来！
MD模拟中最后得到的原始信息一般就是体系内各个粒子的坐标还有速度。根据统计物理的观点应该是可以从中提取出非常丰富的数据的。例如结构信息包括径向分布函数(可以和实验中的XRD数据比较)，自扩散系数，传热系数，热容数据等等。还可以得到NMR，TEM等实验数据。
在the Arts of Molecular Dynamics Simulation 这本书里面有许多源代码。总之，个人觉得要挖掘什么数据和跑MD的目的是有直接关系的。
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5楼2008-10-17 15:36:56
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dolphin100

木虫 (正式写手)
我主要做蛋白质结构,扩散系数没做过, 轨迹分析也主要是做结构变化方面的分析， 找出结构的变化规律  楼上几位谈的扩散系数是不是说模拟中的溶剂分子?
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Constanteffortscanyieldsuresuccess!
6楼2008-10-17 22:39:07
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wally8962

木虫 (著名写手)
和ls一样
对于蛋白质，要研究的是结构-功能关系，所以必须注意某些关键结构的行为。
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7楼2008-10-18 11:06:37
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dolphin100

木虫 (正式写手)
是啊,关键结构变化,您是怎么分析的, 有什么技巧方法吗?
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Constanteffortscanyieldsuresuccess!
8楼2008-10-18 22:18:26
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lvyanniwin

木虫 (正式写手)
动力学之中的轨迹的构象文件好像无法保存下来，保存下来也打不开，原来试过用重叠的方法看看行不行，但是发现如果分子偏大，根本无法判断，到底哪个原子出现了偏差，也就是发生了优化改变。
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9楼2008-10-27 09:04:54
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alwens

铁杆木虫 (正式写手)

老木虫
流体可以做配分函数和配位数分析，自己写个小程序就可以了
还可以做nmr，频率。
还有各种结构方面的分析，
自己想分析什么就分析什么
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万里夕阳锦背高 翻身犹恨东洋小 太公怎钓？
10楼2008-10-27 10:53:28
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