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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 利用GOLD分子对接，怎么设置参数更好的让它考虑金属配位作用
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6946147

木虫 (小有名气)

[求助] 利用GOLD分子对接，怎么设置参数更好的让它考虑金属配位作用 已有2人参与

请教一个问题，在用GOLD对接时，直接按照默认参数对配体分子进行对接时效果较好，但是对接我的分子效果相当差，好像没有考虑金属配位作用，我需要进行什么样的设置才行呢？
我的蛋白是含有血红素的细胞色素P450酶，配体分子中含有咪唑环，应该能与铁形成配位键，但是在对接过程中不能考虑这个配位键。希望精通GOLD的同志能够给予帮助，非常感谢！！！
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Thefuturebelongstothosewhobelieveinthebeautyoftheirdreams.
1楼 2016-03-11 18:27:14
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你丫有病吧

新虫 (初入文坛)
楼主有gold软件嘛，求安装

发自小木虫IOS客户端
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2楼2016-12-13 09:53:09
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zhanglu33

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

不算精通，但刚好也在做这个。给我邮箱，我发篇文献给你看看。
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3楼2016-12-17 15:14:24
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6946147

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhanglu33 at 2016-12-17 15:14:24
不算精通，但刚好也在做这个。给我邮箱，我发篇文献给你看看。

谢谢哈  文献链接给我一下吧
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Thefuturebelongstothosewhobelieveinthebeautyoftheirdreams.
4楼2016-12-18 21:53:16
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zhanglu33

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 6946147 at 2016-12-18 21:53:16
谢谢哈  文献链接给我一下吧...

PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics 58:836–844 (2005)
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5楼2016-12-19 08:46:59
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Real穗

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

想请问楼主，您这个问题最终是怎样解决的？我现在遇到了同样的问题，在GOLD中，也是对接的金属酶，GOLD不识别金属，不知道怎么解决，期待您的回复。
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6楼2018-07-05 21:33:15
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