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adzhua

新虫 (初入文坛)

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虫号: 4304816
注册: 2015-12-22
专业: 计算机应用技术

[求助] PSIBLAST生成 PSSM时间很长

万能的虫友我用如下命令：
psiblast -db nr -query 2PG3_A.fasta.txt -num_iterations 3 -evalue 0.001 -out_ascii_pssm 2PG3_A
获取pssm，可是至少需要20分钟才能得到结果。是我的命令错了还是nr数据太大造成的？（我用psiblast -in_msa 2PG3_A.fasta.txt -out_ascii_pssm pssm1.txt -subject 2PG3_A.fasta.txt很快就得到了结果。没有金币了

）。

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1楼 2016-03-11 11:10:01

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