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A_Sunny

新虫 (小有名气)

[求助] RT-PCR在设计引物时在NCBI上查到该物种的核酸序列，使用mRNA还是cDNA进行引物设计？ 已有1人参与

存在问题：
流程：实验提取植物总RNA——反转录成cDNA——PCR扩增——构建文库——illumina Hiseq2000 测序
1、看过好多都是找到目的基因进行扩增，本实验没有要求 可以随便选择一个核酸序列进行引物设计吗？


求解答，刚接触分子方面，零基础。
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1楼 2016-03-10 18:01:57
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卡维斯

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
既然是提取总RNA反转成cDNA，那么你的cDNA中就包含所有的转录成的mRNA信息。
如果你没有目的基因要求，确实可以随便选择一个序列，那这个扩增是为了什么呢？
由于是从cDNA中扩增，当然是选取cDNA序列（包含5UTR和3UTR 及CDS）呀。
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2楼2016-03-10 20:16:13
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