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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 其他 » VASP5.3.5 并行版本+VTST从头编译教程(完整版)
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hearuing

新虫 (初入文坛)

[资源] VASP5.3.5 并行版本+VTST从头编译教程(完整版)

话不多说，直接上教程~~~

一.环境包
系统：Ubuntu14.04
1.以下软件需要自行单独安装
sudo apt-get install build-essential
sudo apt-get install gcc-multilib
sudo apt-get install libstdc++5
sudo apt-get install openjdk-6-jre-headless
以下为12.04系统默认自带，建议检查，使用g++ -v之类的代码；注意gcc和g++的版本应一致。
sudo apt-get install g++
以下视情况安装。
#安装amd64版本的编译器也需要一些32位库支持，使用命令安装：
   sudo apt-get install ia32-libs
    sudo apt-get install lib32stdc++6
    sudo apt-get install libc6-dev-i386
    sudo apt-get install g++-multilib

二.安装inter fortran compiler 2013
1. 下载，http://pan.baidu.com/s/1o6sPd8m
2. cd 目录 ./install.sh
3.ENTER
4.view license,一路空格，最后accept
5.Alternative activation, use a license file, provide the full path, 输入：目录/lic文件名 （具体内容可能有出入）
6.目录已存在，overwrite yes。
7.加入环境路径，在主目录下（通常为/home/你的用户名，也就是打开终端时显示的路径)按ctrl+h,显示隐藏文件，打开.bashrc, 在最后插入
  source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64
   source /opt/intel/mkl/bin/mklvars.sh intel64 lp64
（根据情况改代码目录，32位用ia32, 64位用intel64，这里我安装的是64位系统。）
8.source ~/.bashrc （以后若出现 make：找不到ifort，gfortran 命令、文件之类的，再source .bashrc一下就好了）
9.验证：which ifort显示路径;
  测试：新建文本文档，文件名hello.f90，文本如下：
     program main
        write(*,*) "hello"
        stop
        end
终端输入：cd 目录，ifort -o hello hello.f90，运行./hello, 出现hello.

三.安装fftw (这里我是选择单独安装的，大家可以按照其他教程所示，用自带的fftw，相应的更改makefile的内容)
1.下载：http://www.fftw.org/
2.解压
3.cd 目录
4. ./configure --prefix /usr/local/fftw
5.make
6.make install
7.把初始下载文件夹fftw/api/fftw3.f拷贝到VASP.5.3文件夹下.

四．安装Openmpi
1. 在网上http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/ ,下载openmpi-1.6.5.tar.gz
2. 解压
3.cd 目录
4. sudo ./configure --prefix=/usr/local/openmpi CC=gcc CXX=c++ F77=(/完整路径/)ifort FC=(/完整路径/)ifort (如果显示ifort无法工作，这里添加完整路径)
5.make all install
6.在openmpi目录下新建一个openmpi.sh ，内容如下，目录自改
export PATH=/usr/local/openmpi/ bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/openmpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export MANPATH=/usr/local/openmpi/share/man:$MANPATH
然后在home目录.bashrc插入
source /usr/local/openmpi/openmpi.sh
最后 source ~/.bashrc
7.测试Openmpi是否安装成功。
  1).验证: which mpirun, mpic++, mpif77,mpif90等，应显示/home/txc/install/openmpi-1.6.5/bin/mpirun 之类
  2)测试: cd 目录/examples
              make
              mpirun -np 2 hello_c （2为双核）
         应出现：
        Hello, world, I am 0 of 2
             Hello, world, I am 1 of 2

五.安装vasp 5.3.5
（重要：每次修改了makefile.linux_ifc_P4后，建议删掉整个5.3或者5.lib的文件夹重新插入makefile.linux_ifc_P4，然后进行重新安装；5.3的文件夹还需插入fftw3.f）
1.下载，解压
2.修改 vasp.5.lib 下的makefile.linux_ifc_P4文件
   CPP     = gfortran -E -P -C $*.F >$*.f (这里使用gfortran,不要问我为什么，需要提前sudo apt-get install gfortran)
     FC=ifc改为 FC=ifort
     FFLAGS = -O2 -FI
3.cd 主目录, source ~/.bashrc
4. cd vasp.5.lib目录
5.cp makefile.linux_ifc_P4 makefile
6.make（成功应生成libdmy.a，文件大小为120KB)
7.修改 vasp.5.3下的makefile.linux_ifc_P4文件 (-L：指定lib库路径，-l：指定库文件名,具体目录自行修改)
  详细修改见附件里的makefile.linux_ifc_P4（这里为了安装VTST, 在source里已经添加了部分函数库，在后面后说到）
8.把fftw/api/fftw3.f拷贝到VASP.5.3文件夹下
9. 添加VTST.
     1)在VTST官网上下载vtstcode以及vtstscripts文件夹，http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/installation.html.
     2)将vtstcode以及vtstscripts文件下的所有文件，全部复制到vasp5.3文件夹下，覆盖。
   3)更改main.F文件
     CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &
        LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)
       改为
     CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &
        TSIF,LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)
     4) 在makefile.linux_ifc_P4文件中，最后的souce, 在chain.o之前添加(附件里我已添加)
     bfgs.o dynmat.o  instanton.o  lbfgs.o sd.o   cg.o dimer.o bbm.o \
        fire.o lanczos.o neb.o  qm.o opt.o
10.cd 主目录, source ~/.bashrc
11.cd vasp.5目录
12.cp makefile.linux_ifc_P4 makefile
13.make（等待10分钟左右，成功应生成名为 vasp 的可执行程序)
Done!

特别感谢：
1. luzihen的帖子 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7989994
2. txcokokok的帖子http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7943283&authorid=2243418
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  • 附件 1 : makefile.linux_ifc_P4
    • 2016-03-10 16:02:45, 16.24 K

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1楼2016-03-10 16:03:27
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hearuing

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★
hearuing: 回帖置顶 2016-04-13 01:49:54
蛋蛋小童鞋: 金币+5, 谢谢分享 2016-09-04 22:00:42
发现自己的makefile.linux_ifc_P4上传错了，下面的附件才是并行版本的makefile.linux_ifc_P4，给大家造成不便，请谅解！
赞一下(3人) 回复此楼

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  • 附件 1 : makefile.linux_ifc_P4
    • 2016-04-13 01:48:47, 16.26 K
31楼2016-04-13 01:49:46
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

hearuing

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
20楼: Originally posted by tenvatuoi at 2016-03-20 16:56:52
mpirun -np 2 vasp

WARNING: random wavefunctions but no delay for mixing, default for NELMDL
WARNING: random wavefunctions but no delay for mixing, default for NELMDL
entering main loop
enter ...

Sorry. mpirun -np 8 ./vasp
It shows the parallel version works.
VASP5.3.5 并行版本+VTST从头编译教程(完整版)
Screenshot from 2016-03-21 15^%18^%01.png
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22楼2016-03-21 15:24:35
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普通回帖

luzihen

金虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

nice one!
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2楼2016-03-10 16:17:22
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不要抢我

新虫 (初入文坛)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

哈哈
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3楼2016-03-10 19:11:37
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obaica

禁言 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
7楼2016-03-11 18:49:43
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hearuing

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by obaica at 2016-03-11 18:49:43
帮顶！

谢谢~~有机会多交流~~
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8楼2016-03-11 19:26:04
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凌云志123

金虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

牛人  学习了
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9楼2016-03-11 22:09:38
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加油笨蛋

木虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

很好的资源贴，学习学习
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10楼2016-03-11 23:45:50
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hujiang915

金虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

6.在openmpi目录下新建一个openmpi.sh ，内容如下，目录自改
export PATH=/usr/local/openmpi/ bin:$PATH
改
export PATH=/usr/local/openmpi/bin:$PATH
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12楼2016-03-13 21:56:09
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hearuing

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
12楼: Originally posted by hujiang915 at 2016-03-13 21:56:09
6.在openmpi目录下新建一个openmpi.sh ，内容如下，目录自改
export PATH=/usr/local/openmpi/ bin:$PATH
改
export PATH=/usr/local/openmpi/bin:$PATH

谢谢更改~~~
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13楼2016-03-14 20:45:23
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sin81

金虫 (正式写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

好，/Mark

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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16楼2016-03-18 14:15:12
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tenvatuoi

新虫 (初入文坛)

★★★ 三星级,支持鼓励

FC=ifort
then why do we need openmpi?
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18楼2016-03-20 11:31:45
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hearuing

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
18楼: Originally posted by tenvatuoi at 2016-03-20 11:31:45
FC=ifort
then why do we need openmpi?

mpirun -np X vasp
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19楼2016-03-20 14:58:08
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tenvatuoi

新虫 (初入文坛)
mpirun -np 2 vasp

WARNING: random wavefunctions but no delay for mixing, default for NELMDL
WARNING: random wavefunctions but no delay for mixing, default for NELMDL
entering main loop
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
DAV:   1     0.148764866847E+03    0.14876E+03   -0.13348E+04   362   0.364E+03
DAV:   1     0.148764866847E+03    0.14876E+03   -0.13348E+04   362   0.364E+03
DAV:   2     0.858040235845E+01   -0.14018E+03   -0.13837E+03   360   0.468E+02
DAV:   2     0.858040235845E+01   -0.14018E+03   -0.13837E+03   360   0.468E+02
DAV:   3    -0.998210317962E+01   -0.18563E+02   -0.18460E+02   398   0.138E+02
DAV:   3    -0.998210317962E+01   -0.18563E+02   -0.18460E+02   398   0.138E+02
DAV:   4    -0.105411779578E+02   -0.55907E+00   -0.55801E+00   404   0.277E+01
DAV:   4    -0.105411779578E+02   -0.55907E+00   -0.55801E+00   404   0.277E+01
DAV:   5    -0.105504774927E+02   -0.92995E-02   -0.92981E-02   392   0.357E+00    0.326E+00

no parallel without mpif90.
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20楼2016-03-20 16:56:52
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379631818

铁杆木虫 (著名写手)
太好了，谢谢
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21楼2016-03-20 20:35:31
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bird007

荣誉版主 (职业作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

按照阁下的教程，我编译串行的已经成功，多谢
但是并行的编译通不过。
我看了下你的mpi在makefile里是注释掉的，不是并行吧？
另外：
如果编译并行的，makefile中mpi后面的CPP，FFT3D，mkl这些都要保留吗？
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24楼2016-03-25 11:09:53
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bird007

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
20楼: Originally posted by tenvatuoi at 2016-03-20 16:56:52
mpirun -np 2 vasp

WARNING: random wavefunctions but no delay for mixing, default for NELMDL
WARNING: random wavefunctions but no delay for mixing, default for NELMDL
entering main loop
enter ...

请问这个怎么解决？
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25楼2016-03-25 11:21:31
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loyow

金虫 (小有名气)
求分享下VASP包，百度云lloyov，先谢谢楼主大神

发自小木虫Android客户端
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26楼2016-04-04 00:30:20
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春华秋实538

铁杆木虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

顶下。不过看了下你的makefile文件，似乎并没有并行编译吧。而且vtstcode里面 并没有留vasp5.3.5的并行接口文件，里面只有vasp5.4.1 和vasp5.3.2的接口文件。请问你编译时候vasp5.3.5+CINEB是用的哪个接口文件，是自己编写的吗？谢谢。
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27楼2016-04-08 21:47:59
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hearuing

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
24楼: Originally posted by bird007 at 2016-03-25 11:09:53
按照阁下的教程，我编译串行的已经成功，多谢
但是并行的编译通不过。
我看了下你的mpi在makefile里是注释掉的，不是并行吧？
另外：
如果编译并行的，makefile中mpi后面的CPP，FFT3D，mkl这些都要保留吗？

确实像上面楼层所说的，在lib文件夹编译的时候，makefile.linux_ifc.p4存在着笔误，FC=mpif90
然后在两个makefile.linux_ifc.p4里面FFLAGS那一行的最后，再加上 -heap-arrays 64

最后按照我的教程，应该能并行版本编译成功的~
你直接看我的makefile.linux_ifc.p4，就按照我那个修改，除了路径可能稍适修改一下，其他的不用动就行。
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29楼2016-04-12 20:39:18
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hearuing

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
27楼: Originally posted by 春华秋实538 at 2016-04-08 21:47:59
顶下。不过看了下你的makefile文件，似乎并没有并行编译吧。而且vtstcode里面 并没有留vasp5.3.5的并行接口文件，里面只有vasp5.4.1 和vasp5.3.2的接口文件。请问你编译时候vasp5.3.5+CINEB是用的哪个接口文件，是自 ...

确实存在着笔误，我在lib编译的时候，应该用mpif90,不应该用ifort。
另外你说的CINEB，我暂时还没有测试，不是自己写的，直接按照我的教程给编进去的，NEB calculation能否进行暂时还不太清楚。
谢谢你~
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30楼2016-04-12 20:41:55
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shirun0706

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
25楼: Originally posted by bird007 at 2016-03-25 11:21:31
请问这个怎么解决？...

same problem occurred on my PC
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35楼2016-04-26 19:45:59
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jx在路上

金虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

你好，楼主，非常感谢楼主的无私分享。 我现在根据楼主的方法编译NEB，出了点问题，不知什么原因，以及解决的方法，还劳请楼主指点。我的问题是，在我执行这一步的时候  “13.make（等待10分钟左右，成功应生成名为 vasp 的可执行程序)“  出现了这个提示  ”make: *** No rule to make target `base.F', needed by `base.o'.  Stop.“ 不知是什么原因，期待楼主你的指点，谢谢楼主。同样期待其他虫友的指点。谢谢各位！
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42楼2016-05-14 17:36:32
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lj293815

铜虫 (小有名气)

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小白一个。感谢大大分享
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46楼2016-05-26 11:31:04
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