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VASP5.3.5 并行版本+VTST从头编译教程(完整版)
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话不多说，直接上教程~~~ 一.环境包 系统：Ubuntu14.04 1.以下软件需要自行单独安装 sudo apt-get install build-essential sudo apt-get install gcc-multilib sudo apt-get install libstdc++5 sudo apt-get install openjdk-6-jre-headless 以下为12.04系统默认自带，建议检查，使用g++ -v之类的代码；注意gcc和g++的版本应一致。 sudo apt-get install g++ 以下视情况安装。 #安装amd64版本的编译器也需要一些32位库支持，使用命令安装： sudo apt-get install ia32-libs sudo apt-get install lib32stdc++6 sudo apt-get install libc6-dev-i386 sudo apt-get install g++-multilib 二.安装inter fortran compiler 2013 1. 下载，http://pan.baidu.com/s/1o6sPd8m 2. cd 目录 ./install.sh 3.ENTER 4.view license,一路空格，最后accept 5.Alternative activation, use a license file, provide the full path, 输入：目录/lic文件名 （具体内容可能有出入） 6.目录已存在，overwrite yes。 7.加入环境路径，在主目录下（通常为/home/你的用户名，也就是打开终端时显示的路径)按ctrl+h,显示隐藏文件，打开.bashrc, 在最后插入 source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64 source /opt/intel/mkl/bin/mklvars.sh intel64 lp64 （根据情况改代码目录，32位用ia32, 64位用intel64，这里我安装的是64位系统。） 8.source ~/.bashrc （以后若出现 make：找不到ifort，gfortran 命令、文件之类的，再source .bashrc一下就好了） 9.验证：which ifort显示路径; 测试：新建文本文档，文件名hello.f90，文本如下： program main write(*,*) "hello" stop end 终端输入：cd 目录，ifort -o hello hello.f90，运行./hello, 出现hello. 三.安装fftw (这里我是选择单独安装的，大家可以按照其他教程所示，用自带的fftw，相应的更改makefile的内容) 1.下载：http://www.fftw.org/ 2.解压 3.cd 目录 4. ./configure --prefix /usr/local/fftw 5.make 6.make install 7.把初始下载文件夹fftw/api/fftw3.f拷贝到VASP.5.3文件夹下. 四．安装Openmpi 1. 在网上http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/ ,下载openmpi-1.6.5.tar.gz 2. 解压 3.cd 目录 4. sudo ./configure --prefix=/usr/local/openmpi CC=gcc CXX=c++ F77=(/完整路径/)ifort FC=(/完整路径/)ifort (如果显示ifort无法工作，这里添加完整路径) 5.make all install 6.在openmpi目录下新建一个openmpi.sh ，内容如下，目录自改 export PATH=/usr/local/openmpi/ bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/openmpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH export MANPATH=/usr/local/openmpi/share/man:$MANPATH 然后在home目录.bashrc插入 source /usr/local/openmpi/openmpi.sh 最后 source ~/.bashrc 7.测试Openmpi是否安装成功。 1).验证: which mpirun, mpic++, mpif77,mpif90等，应显示/home/txc/install/openmpi-1.6.5/bin/mpirun 之类 2)测试: cd 目录/examples make mpirun -np 2 hello_c （2为双核） 应出现： Hello, world, I am 0 of 2 Hello, world, I am 1 of 2 五.安装vasp 5.3.5 （重要：每次修改了makefile.linux_ifc_P4后，建议删掉整个5.3或者5.lib的文件夹重新插入makefile.linux_ifc_P4，然后进行重新安装；5.3的文件夹还需插入fftw3.f） 1.下载，解压 2.修改 vasp.5.lib 下的makefile.linux_ifc_P4文件 CPP = gfortran -E -P -C $*.F >$*.f (这里使用gfortran,不要问我为什么，需要提前sudo apt-get install gfortran) FC=ifc改为 FC=ifort FFLAGS = -O2 -FI 3.cd 主目录, source ~/.bashrc 4. cd vasp.5.lib目录 5.cp makefile.linux_ifc_P4 makefile 6.make（成功应生成libdmy.a，文件大小为120KB) 7.修改 vasp.5.3下的makefile.linux_ifc_P4文件 (-L：指定lib库路径，-l：指定库文件名,具体目录自行修改) 详细修改见附件里的makefile.linux_ifc_P4（这里为了安装VTST, 在source里已经添加了部分函数库，在后面后说到） 8.把fftw/api/fftw3.f拷贝到VASP.5.3文件夹下 9. 添加VTST. 1)在VTST官网上下载vtstcode以及vtstscripts文件夹，http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/installation.html. 2)将vtstcode以及vtstscripts文件下的所有文件，全部复制到vasp5.3文件夹下，覆盖。 3)更改main.F文件 CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, & LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6) 改为 CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, & TSIF,LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6) 4) 在makefile.linux_ifc_P4文件中，最后的souce, 在chain.o之前添加(附件里我已添加) bfgs.o dynmat.o instanton.o lbfgs.o sd.o cg.o dimer.o bbm.o \ fire.o lanczos.o neb.o qm.o opt.o 10.cd 主目录, source ~/.bashrc 11.cd vasp.5目录 12.cp makefile.linux_ifc_P4 makefile 13.make（等待10分钟左右，成功应生成名为 vasp 的可执行程序) Done! 特别感谢： 1. luzihen的帖子 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7989994 2. txcokokok的帖子http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7943283&authorid=2243418 |
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本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：libolin3@tal.com - 附件 1 : makefile.linux_ifc_P4
2016-03-10 16:02:45, 16.24 K
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12楼2016-03-13 21:56:09
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