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金虫 (小有名气)

[交流] 细菌16s rDNA鉴定

细菌16s rDNA测序结果出来后，不知道怎么分析了，求教各位小伙伴。看了很多人说测序出来的不完整，对序列比对应该有很大的影响吧？

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有朋自远方来，不亦说乎

1楼 2016-03-09 09:50:36

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新虫 (小有名气)

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

手工也可以做呀，两端测序大概得到两个800左右的序列，看看两端测定误差大干扰强的信号有多少，删掉，拼接(我用的contig1)，blast，选近似菌种构建发育树

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2楼2016-03-09 10:28:02

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金虫 (小有名气)

引用回帖:

2楼: Originally posted by joshuablack at 2016-03-09 10:28:02
手工也可以做呀，两端测序大概得到两个800左右的序列，看看两端测定误差大干扰强的信号有多少，删掉，拼接(我用的contig1)，blast，选近似菌种构建发育树

测序公司已经帮忙拼接好了呢，发现拼接好的序列前后端少了大概一百多个bp，会对比对有太大影响吗？求教

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有朋自远方来，不亦说乎

3楼2016-03-09 11:05:21

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