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风风1号

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[交流] 求pi-pi堆积作用的画法![已解决]

想画一个晶体结构的pi-pi堆积图,在xp画图中不知道怎样用虚线把两个环之间的pi-pi作用表现出来,请高手指点一下!

[ Last edited by 风风1号 on 2008-10-27 at 09:49 ]
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lingzi326(金币+1,VIP+0):谢谢,你是个热心人~~
风风1号(金币+20,VIP+0):如果是五元杂环是不是也可以用:cent/x N1 N2 C1 C2 C3 作出环中心的哑原子呢?
Xp下用CENT命令做出苯环中心哑原子,然后在与相应的苯环中心链接即可如: CENT/x C1 to C6 (苯环上连续6个C,这样写也行C1 C2 C3 C4 C5 C6) 会生成X1A哑原子然后CENT/x C7 to C12 生成另一个亚原子X1B link X1A X1B就行了
2楼2008-10-15 12:51:48
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风风1号

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引用回帖:
Originally posted by huahua1216 at 2008-10-15 12:51:
Xp下用CENT命令做出苯环中心哑原子,然后在与相应的苯环中心链接即可如: CENT/x C1 to C6 (苯环上连续6个C,这样写也行C1 C2 C3 C4 C5 C6) 会生成X1A哑原子然后CENT/x C7 to C12 生成另一个亚原子X1B link X1A X ...

如果是五元杂环是不是也可以用:cent/x N1 N2 C1 C2 C3 作出环中心的哑原子呢?
谢谢
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3楼2008-10-15 14:33:33
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haru007

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★
风风1号(金币+5,VIP+0):我也在用diamond画了!基本思路已经找到了!谢谢
可以的

个人认为用diamond画更容易
4楼2008-10-15 14:55:53
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风风1号

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引用回帖:
Originally posted by haru007 at 2008-10-15 14:55:
可以的

个人认为用diamond画更容易

在diamond中怎么由一个分子,然后根据它的氢键作用画它的一维链状结构呢?还是必须把几个单胞的分子都显示出来然后慢慢删除不需要的呢?
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5楼2008-10-15 15:37:23
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haru007

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
风风1号(金币+20,VIP+0):谢谢,我研究一下!
在connectivity中设置一下氢原子与质子受体的距离,然后慢慢长就可以了

必须要清楚是由哪几种氢键连的

建议先用platon查一下氢键
6楼2008-10-15 15:44:19
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
风风1号(金币+20,VIP+0):谢谢,我研究一下!
引用回帖:
Originally posted by 风风1号 at 2008-10-15 15:37:

在diamond中怎么由一个分子,然后根据它的氢键作用画它的一维链状结构呢?还是必须把几个单胞的分子都显示出来然后慢慢删除不需要的呢?

画几个晶胞 creat hbonds  然后选定一个原子右键选定分子会出来一条链的
7楼2008-10-15 17:00:38
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