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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 请各路大神看看这个配合物应当用什么软件画呢？我觉得gaussian好像不行
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许愿之星

新虫 (初入文坛)

[交流] 请各路大神看看这个配合物应当用什么软件画呢？我觉得gaussian好像不行 已有3人参与

这是本人毕业设计老师给的课题，实在是太大了，再加上本人是模拟计算的新手所以在此请教大家应当用什么模拟比较好呢？新人金币不多在此恳请大家帮忙。
课题是《硅烷改性铕配合物结构与光谱的理论研究》

请各路大神看看这个配合物应当用什么软件画呢？我觉得gaussian好像不行
图片1.png
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1楼 2016-03-07 13:52:02
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许愿之星

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by cooooldog at 2016-03-07 16:04:30
画出来应该不难


原子和价键
   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0999 V3000
M  V30 BEGIN CTAB
M  V30 COUNTS 105 112 0 0 0
M  V30 BEGIN ATOM
M  V30 1 C 25.9411 -10.664 0 0
M  V30 2 C 25.9411 -11.994 ...

跪谢大神，请问这是gaussian view的参数吗？
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6楼2016-03-07 20:54:09
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cooooldog

铁杆木虫 (著名写手)

ส็็็
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
画出来应该不难
请各路大神看看这个配合物应当用什么软件画呢？我觉得gaussian好像不行-1

原子和价键
CODE:
   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0999 V3000
M  V30 BEGIN CTAB
M  V30 COUNTS 105 112 0 0 0
M  V30 BEGIN ATOM
M  V30 1 C 25.9411 -10.664 0 0
M  V30 2 C 25.9411 -11.994 0 0
M  V30 3 C 24.7892 -9.999 0 0
M  V30 4 C 24.7892 -12.659 0 0
M  V30 5 C 23.6374 -10.664 0 0
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M  V30 14 C 25.7507 -8.7812 0 0
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M  V30 22 C 27.4653 -14.8063 0 0
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M  V30 26 C 29.6606 -14.9986 0 0
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M  V30 30 C 18.6574 -18.194 0 0
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M  V30 34 C 18.3794 -15.8817 0 0
M  V30 35 O 20.0123 -13.4835 0 0
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M  V30 38 N 16.8947 -16.7359 0 0
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M  V30 50 C 20.1118 -21.7991 0 0
M  V30 51 C 19.4902 -23.8426 0 0
M  V30 52 C 17.2721 -23.4175 0 0
M  V30 53 C 11.195 -13.1793 0 0
M  V30 54 C 11.2901 -11.8527 0 0
M  V30 55 C 12.2964 -13.9249 0 0
M  V30 56 C 12.4866 -11.2718 0 0
M  V30 57 C 13.4928 -13.344 0 0
M  V30 58 C 13.5879 -12.0174 0 0
M  V30 59 C 14.7326 -14.2281 0 0
M  V30 60 C 14.7926 -11.5977 0 0
M  V30 61 O 16.6017 -13.7034 0 0
M  V30 62 O 16.604 -11.8657 0 0
M  V30 63 N 13.5244 -15.6195 0 0
M  V30 64 N 14.349 -9.9433 0 0
M  V30 65 C 11.9727 -16.1991 0 0
M  V30 66 C 11.2503 -15.0709 0 0
M  V30 67 C 10.3219 -16.145 0 0
M  V30 68 Si 8.5067 -15.9185 0 0
M  V30 69 C 7.7586 -17.1661 0 0
M  V30 70 C 6.905 -15.627 0 0
M  V30 71 C 8.0744 -14.3292 0 0
M  V30 72 C 12.462 -8.9245 0 0
M  V30 73 C 11.2882 -9.8364 0 0
M  V30 74 C 9.9709 -8.9387 0 0
M  V30 75 Si 8.6908 -9.9876 0 0
M  V30 76 C 8.6287 -11.7503 0 0
M  V30 77 C 6.8138 -10.6241 0 0
M  V30 78 C 7.795 -8.5899 0 0
M  V30 79 C 16.801 -5.1897 0 0
M  V30 80 C 18.1199 -5.0184 0 0
M  V30 81 C 16.2899 -6.4177 0 0
M  V30 82 C 18.9277 -6.0751 0 0
M  V30 83 C 17.0977 -7.4742 0 0
M  V30 84 C 18.4166 -7.3029 0 0
M  V30 85 C 16.4785 -8.8654 0 0
M  V30 86 C 19.0681 -8.3998 0 0
M  V30 87 O 17.2964 -10.3202 0 0
M  V30 88 O 19.2474 -9.8144 0 0
M  V30 89 N 14.8742 -7.9588 0 0
M  V30 90 N 20.6008 -7.6352 0 0
M  V30 91 C 13.9969 -6.5538 0 0
M  V30 92 C 14.9584 -5.621 0 0
M  V30 93 C 13.7207 -4.9253 0 0
M  V30 94 Si 13.5808 -3.1014 0 0
M  V30 95 C 12.2091 -2.6171 0 0
M  V30 96 C 13.5472 -1.4738 0 0
M  V30 97 C 15.052 -2.3609 0 0
M  V30 98 C 21.223 -5.583 0 0
M  V30 99 C 20.0954 -4.6145 0 0
M  V30 100 C 20.7124 -3.1447 0 0
M  V30 101 Si 19.4294 -2.0994 0 0
M  V30 102 C 17.6897 -2.39 0 0
M  V30 103 C 18.4314 -0.387 0 0
M  V30 104 C 20.6204 -0.9429 0 0
M  V30 105 Eu 18.3155 -12.2745 0 0 CHG=3
M  V30 END ATOM
M  V30 BEGIN BOND
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M  V30 2 2 3 1
M  V30 3 2 4 2
M  V30 4 1 5 3
M  V30 5 1 6 4
M  V30 6 2 6 5
M  V30 7 1 5 7
M  V30 8 1 6 8
M  V30 9 2 7 9
M  V30 10 2 8 10
M  V30 11 1 7 11
M  V30 12 1 8 12
M  V30 13 1 11 13
M  V30 14 1 13 14
M  V30 15 1 14 15
M  V30 16 1 15 16
M  V30 17 1 16 17
M  V30 18 1 16 18
M  V30 19 1 16 19
M  V30 20 1 12 20
M  V30 21 1 20 21
M  V30 22 1 21 22
M  V30 23 1 22 23
M  V30 24 1 23 24
M  V30 25 1 23 25
M  V30 26 1 23 26
M  V30 27 1 28 27
M  V30 28 2 29 27
M  V30 29 2 30 28
M  V30 30 1 31 29
M  V30 31 1 32 30
M  V30 32 2 32 31
M  V30 33 1 31 33
M  V30 34 1 32 34
M  V30 35 2 33 35
M  V30 36 2 34 36
M  V30 37 1 33 37
M  V30 38 1 34 38
M  V30 39 1 37 39
M  V30 40 1 39 40
M  V30 41 1 40 41
M  V30 42 1 41 42
M  V30 43 1 42 43
M  V30 44 1 42 44
M  V30 45 1 42 45
M  V30 46 1 38 46
M  V30 47 1 46 47
M  V30 48 1 47 48
M  V30 49 1 48 49
M  V30 50 1 49 50
M  V30 51 1 49 51
M  V30 52 1 49 52
M  V30 53 1 54 53
M  V30 54 2 55 53
M  V30 55 2 56 54
M  V30 56 1 57 55
M  V30 57 1 58 56
M  V30 58 2 58 57
M  V30 59 1 57 59
M  V30 60 1 58 60
M  V30 61 2 59 61
M  V30 62 2 60 62
M  V30 63 1 59 63
M  V30 64 1 60 64
M  V30 65 1 63 65
M  V30 66 1 65 66
M  V30 67 1 66 67
M  V30 68 1 67 68
M  V30 69 1 68 69
M  V30 70 1 68 70
M  V30 71 1 68 71
M  V30 72 1 64 72
M  V30 73 1 72 73
M  V30 74 1 73 74
M  V30 75 1 74 75
M  V30 76 1 75 76
M  V30 77 1 75 77
M  V30 78 1 75 78
M  V30 79 1 80 79
M  V30 80 2 81 79
M  V30 81 2 82 80
M  V30 82 1 83 81
M  V30 83 1 84 82
M  V30 84 2 84 83
M  V30 85 1 83 85
M  V30 86 1 84 86
M  V30 87 2 85 87
M  V30 88 2 86 88
M  V30 89 1 85 89
M  V30 90 1 86 90
M  V30 91 1 89 91
M  V30 92 1 91 92
M  V30 93 1 92 93
M  V30 94 1 93 94
M  V30 95 1 94 95
M  V30 96 1 94 96
M  V30 97 1 94 97
M  V30 98 1 90 98
M  V30 99 1 98 99
M  V30 100 1 99 100
M  V30 101 1 100 101
M  V30 102 1 101 102
M  V30 103 1 101 103
M  V30 104 1 101 104
M  V30 105 9 88 105 ACDBDTYP=18 DISP=DATIVE
M  V30 106 9 87 105 ACDBDTYP=18 DISP=DATIVE
M  V30 107 9 62 105 ACDBDTYP=18 DISP=DATIVE
M  V30 108 9 61 105 ACDBDTYP=18 DISP=DATIVE
M  V30 109 9 36 105 ACDBDTYP=18 DISP=DATIVE
M  V30 110 9 35 105 ACDBDTYP=18 DISP=DATIVE
M  V30 111 9 10 105 ACDBDTYP=18 DISP=DATIVE
M  V30 112 9 9 105 ACDBDTYP=18 DISP=DATIVE
M  V30 END BOND
M  V30 END CTAB
M  END
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ส็็็็็็็็็็็็็็็็็็็็
3楼2016-03-07 16:04:30
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Woodeninsect

银虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
个人感觉画这种具有重复配体的金属配合物，用hyperchem方便一些。画出一个配体，然后复制粘贴，进行移动和旋转，然后加氢成型，最后随便用一个MM跑一下，出来的结构就能过眼睛这一关。若用gaussview画，因为画的过程中就是立体的，很多原子都缠绕在一起了，最后用"扫把"扫一下，也不起什么作用。另外，用Gabedit画，感觉也不是很方便。

对于这种周期性结构的物质，不太清楚如何用PBC计算，但如果对于单个配合物分子的话，优化的时候可以先用MOPAC的Sparkle跑一下，然后再用其他方法计算，或者直接用高斯算，稀土采用大核或者小核赝势计算，一般用大核的多，计算快，容易收敛。

P.S. 楼上Si连的应该是氧原子，反应应该是羧酸和氨丙基三乙氧基硅烷反应，然后前驱体水解聚合的产物，配合物可以原位合成，制成含稀土配合物的第二类杂化材料。
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4楼2016-03-07 19:02:06
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Woodeninsect

银虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你如果是画平面结构的话，用chemdraw很容易画，然后似乎可以chem3D转化为可计算的立体结构，把结构初步优化一下，具体我没有用过，不清楚。
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5楼2016-03-07 19:26:10
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