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mx52309

铜虫 (初入文坛)

[交流] 游离水分子加氢问题,急!!!!

请教大侠,
游离水分子上的氢没加上,如何才能加上?
cif中出现如下错误,求教哪位大侠知道如何解决
十分感谢!!!
Alert level A
PLAT306_ALERT_2_A Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......        O22     
PLAT306_ALERT_2_A Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......        O23     
PLAT306_ALERT_2_A Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......        O24   
下面这个问题根本看不懂,求教,如何解决  
PLAT780_ALERT_1_A Coordinates do not Form a Properly Connected Set          ?
[search]游离水分子[/search]

[ Last edited by mx52309 on 2008-10-14 at 08:25 ]
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xiaochuan155

金虫 (正式写手)

可以用X-seed加乙二胺上的H,用Wingx加水上的H
2楼2008-10-13 08:47:22
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mx52309

铜虫 (初入文坛)

我是初学者大侠,X-seed 和Wingx是什么?

大侠,X-seed 和Wingx是什么?我是初学者,能细致点吗?谢谢!!!
3楼2008-10-13 08:51:30
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

PLAT241_ALERT_2_A Check High      Ueq as Compared to Neighbors for         C3     

这个多半C3要统计分布.
xi2004-emuch@163.com
4楼2008-10-13 10:06:39
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mx52309

铜虫 (初入文坛)

C3要统计分布.

那如何解决这个问题
5楼2008-10-13 12:28:42
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

引用回帖:
Originally posted by mx52309 at 2008-10-13 12:28:
那如何解决这个问题

看它周围有没有距离合理的峰, 加成原子, 再修, 可能要用些Restrains, 是键长和温度因子合理.


没有数据, 说不清楚.
你把数据发给某个虫子, 看看才清楚是咋回事.
xi2004-emuch@163.com
6楼2008-10-13 15:06:36
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mx52309

铜虫 (初入文坛)

游离水分子加氢哪位大侠知道啊?

游离水分子加氢哪位大侠知道啊?
7楼2008-10-14 08:29:49
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

★
mx52309(金币+1,VIP+0):谢谢,restrains在哪加,我是新手
游离水分子加氢 坛上有很多贴子说过了.
一种方法是提高Diff Fourier的peak的数目. 比如plan 200, 然后把比较合理的峰加成H, 特别注意加的H要能形成合理的氢键. 不可太放开修, 要适当加点restrains.

另外据说在Wingx里可以加, 我没用过. 就不说了. 你找找以前的贴.
xi2004-emuch@163.com
8楼2008-10-14 10:13:52
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mx52309

铜虫 (初入文坛)

“要适当加点restrains”怎么做?

我加上了,但是说是不对,我就是把plan 变为200然后找键角和水差不多的定位H,但检查cif时说氢键不对,请假大侠我应该怎么办?
9楼2008-10-21 17:24:02
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zhailaisheng

荣誉版主 (著名写手)

可能要DFIX 0.82 0.01 HW1 OW HW2 OW
         DANG 1.34 0.01 HW1 HW2
10楼2008-11-08 13:09:20
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