24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 1933  |  回复: 10
当前主题已经存档。
【有奖交流】积极回复本帖子,参与交流,就有机会分得作者 mx52309 的 4 个金币

mx52309

铜虫 (初入文坛)

[交流] 游离水分子加氢问题,急!!!!

请教大侠,
游离水分子上的氢没加上,如何才能加上?
cif中出现如下错误,求教哪位大侠知道如何解决
十分感谢!!!
Alert level A
PLAT306_ALERT_2_A Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......        O22     
PLAT306_ALERT_2_A Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......        O23     
PLAT306_ALERT_2_A Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......        O24   
下面这个问题根本看不懂,求教,如何解决  
PLAT780_ALERT_1_A Coordinates do not Form a Properly Connected Set          ?
[search]游离水分子[/search]

[ Last edited by mx52309 on 2008-10-14 at 08:25 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaochuan155

金虫 (正式写手)

可以用X-seed加乙二胺上的H,用Wingx加水上的H
2楼2008-10-13 08:47:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mx52309

铜虫 (初入文坛)

我是初学者大侠,X-seed 和Wingx是什么?

大侠,X-seed 和Wingx是什么?我是初学者,能细致点吗?谢谢!!!
3楼2008-10-13 08:51:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xi2004

至尊木虫 (职业作家)

PLAT241_ALERT_2_A Check High      Ueq as Compared to Neighbors for         C3     

这个多半C3要统计分布.
xi2004-emuch@163.com
4楼2008-10-13 10:06:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mx52309

铜虫 (初入文坛)

C3要统计分布.

那如何解决这个问题
5楼2008-10-13 12:28:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xi2004

至尊木虫 (职业作家)

引用回帖:
Originally posted by mx52309 at 2008-10-13 12:28:
那如何解决这个问题

看它周围有没有距离合理的峰, 加成原子, 再修, 可能要用些Restrains, 是键长和温度因子合理.


没有数据, 说不清楚.
你把数据发给某个虫子, 看看才清楚是咋回事.
xi2004-emuch@163.com
6楼2008-10-13 15:06:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mx52309

铜虫 (初入文坛)

游离水分子加氢哪位大侠知道啊?

游离水分子加氢哪位大侠知道啊?
7楼2008-10-14 08:29:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xi2004

至尊木虫 (职业作家)


mx52309(金币+1,VIP+0):谢谢,restrains在哪加,我是新手
游离水分子加氢 坛上有很多贴子说过了.
一种方法是提高Diff Fourier的peak的数目. 比如plan 200, 然后把比较合理的峰加成H, 特别注意加的H要能形成合理的氢键. 不可太放开修, 要适当加点restrains.

另外据说在Wingx里可以加, 我没用过. 就不说了. 你找找以前的贴.
xi2004-emuch@163.com
8楼2008-10-14 10:13:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mx52309

铜虫 (初入文坛)

“要适当加点restrains”怎么做?

我加上了,但是说是不对,我就是把plan 变为200然后找键角和水差不多的定位H,但检查cif时说氢键不对,请假大侠我应该怎么办?
9楼2008-10-21 17:24:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhailaisheng

荣誉版主 (著名写手)

可能要DFIX 0.82 0.01 HW1 OW HW2 OW
         DANG 1.34 0.01 HW1 HW2
10楼2008-11-08 13:09:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 mx52309 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 280求调剂 +3 wzzz王 2026-04-09 3/150 2026-04-09 12:24 by 黑!在干嘛
[考研] 086003调剂求助 +13 苏弋万 2026-04-09 14/700 2026-04-09 11:35 by yongzhesheng
[考研] 本科南方医科大学 一志愿985 药学学硕284分 求调剂 +3 弱水听文 2026-04-09 3/150 2026-04-09 09:06 by susuqq
[考研] 一志愿0703化学招61最终排名62化学求调剂 +13 招61排名62 2026-04-07 15/750 2026-04-08 23:06 by 招61排名62
[考研] 材料334求调剂 +21 Eecho# 2026-04-03 21/1050 2026-04-08 22:55 by 猪会飞
[考研] 285求调剂 +20 哦呦呼o 2026-04-04 20/1000 2026-04-08 22:23 by yutian743
[考研] 专硕0854初试考材科基,求调剂 +7 3220548044 2026-04-06 10/500 2026-04-08 21:59 by hypershenger
[考研] 320分人工智能调剂 +9 振—TZ 2026-04-03 10/500 2026-04-08 19:56 by 振—TZ
[考研] 331求调剂 +5 张元一 2026-04-07 6/300 2026-04-07 22:13 by hemengdong
[考研] 071000生物学,一志愿深圳大学296分,求调剂 +12 TIckLw 2026-04-06 13/650 2026-04-07 20:34 by lijunpoly
[考研] 专硕085403,291分,有两篇专利,一国一奖 +3 哈吉咪哈吉咪 2026-04-07 3/150 2026-04-07 18:21 by 蓝云思雨
[考研] 081700化学工程与技术 一志愿中海洋 323 求调剂学校 +19 披星河 2026-04-03 19/950 2026-04-07 15:14 by 尽舜尧1
[考研] 297分083200求助 +9 aekx 2026-04-05 9/450 2026-04-06 20:57 by flysky1234
[考研] 生物学调剂 可调剂到生物与医药 +3 李政莹 2026-04-06 3/150 2026-04-06 19:02 by macy2011
[考研] 0817化学工程与技术求调剂,一志愿中海洋319 +14 lv945 2026-04-04 14/700 2026-04-06 10:20 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿哈尔滨工业大学085600英一数二337分求调剂 +12 lyz0427 2026-04-03 12/600 2026-04-06 06:37 by houyaoxu
[考研] 材料专硕(0856) 339分求调剂 +10 哈哈哈鹅哈哈哈 2026-04-04 10/500 2026-04-05 18:51 by 蓝云思雨
[考研] 295求调剂 +4 A你好研究生 2026-04-04 5/250 2026-04-04 22:46 by yu221
[考研] 281求调剂 +10 aaawhy 2026-04-03 10/500 2026-04-03 21:42 by lbsjt
[考研] 085600,320分求调剂 +6 大馋小子 2026-04-02 6/300 2026-04-02 21:54 by dongzh2009
信息提示
请填处理意见