| 查看: 614 | 回复: 4 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
| 【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 ghzhong 的 10 个金币 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
[求助] 在AMD Opteron Professor 8356的机器上怎样实现Gaussian03的并行计算
|
|||
|
如题： 请大家提供点参考，我在AMD Opteron Professor 8356机器上已经可以运行单个cpu的Gaussian03计算了；现在想实现并行计算（就是同一个机器上的多CPU计算，而不是cluster上的多node并行），请问怎么设置呵？ |
回复此楼» 猜你喜欢
分子动力学模拟合作需求
已经有4人回复
-
求ENDNOTE破解软件安装包
已经有7人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有129人回复
-
河海大学 （211.双一流高校）钙钛矿光电实验室丁勇团队欢迎有志青年！
已经有3人回复
-
黑龙江省原子能研究院化学课题组招收2026级化学专业或化学相关专业硕士生
已经有0人回复
-
26博士申请
已经有0人回复
-
湖北文理学院材料与化工专硕还有调剂名额，欢迎大家推荐考生！
已经有1人回复
-
微纳hub，微纳加工的宝库
已经有0人回复
-
微纳加工里的 lift-off 工艺
已经有0人回复
-
【接测试】TPD-TPR、TPO、脉冲吸附、原位红外，电化学原位红外，站内联系
已经有0人回复
4楼2008-10-11 21:07:59
abbott
金虫 (著名写手)
不要用QQ问我东西
- 应助: 16 (小学生)
- 金币: 1071.6
- 散金: 2787
- 红花: 10
- 帖子: 1015
- 在线: 105.2小时
- 虫号: 452267
- 注册: 2007-11-05
- 性别: GG
- 专业: 计算机硬件技术
|
在Linux系统版本的G03中，是可以直接支持共享内存的多CPU计算的。 但是你必须按照官方的说明要求和流程安装你的G03。 里面涉及到某些库文件的自动路径问题。 最好是安装官方的说明安装。 不要直接使用编译好的版本。 如果你要使用4个CPU， 可以在输入文件里面加入 %Nproc=4可以了。 如果机器只有你一个人使用， 你自己的总内存保持在物理内存的80%左右。 太大的话，系统会过多的使用交换分区，导致性能下降。 提交作业的命令依旧是 g03 test.com & OR g03 test.i test.o & 如果不要使，请告知我。 abbott.cn@gmail.com |
2楼2008-10-11 12:56:00
|
谢谢你的回复呵。我的Gaussian03是用的编译好的，我只是设置一下bashrc文件而已，我没有用source code重新编译。在我所有的文件中有个README讲了些东西： 1. Check that you have the correct versions of the OS, and libraries for your machine, as listed in the file platform_e01.htm file on G03 CD. Release notes can be found in release_e01.htm. 2. Select a group which will own the Gaussian files. Users who will run Gaussian should either already be in this group, or should have this added to their list of groups. Consult your system administrator if you need help with this process. 3. Mount the CD. Information about how to do this for various types of computers is given on the following page. 4. Change to the C shell, and set the g03root and mntpnt environment variables: $ /bin/csh % setenv mntpnt "/mnt/cdrom" # Set to wherever cd is mounted. % setenv g03root " % cd $g03root 5. Read the CD, set group ownership, and run the build script: % cat $mntpnt/tar/*.taz | zcat | tar xvf - % chgrp -R % cd g03 % ./bsd/install 6. You are now ready to run. 实际我就是从第5步开始解压缩我的文件，然后./bsd/install，设置好自己的bashrc文件： export g03root=/home/test12/zf/G03 export GAUSS_SCRDIR=/home/test12/zf/laji source $g03root/g03/bsd/g03.profile 最后他提到要想并行还要进行下列设置： If you are using Linda for network/cluster parallel processing, then edit the .cshrc file on each node that will be used as a linda worker. It should contain the following lines: if (! ($?LD_LIBRARY_PATH)) then setenv LD_LIBRARY_PATH XXX endif where XXX should be replaced by the g03 directory. $g03root is not set at this point, so the complete path (e.g. /home/software/g03) should be used. 我感觉对我也没有什么用呵，我也没有设置什么，所有并行还是算不成功。 请帮忙看一下，我的设置对不对。实现多cpu并行还要设置什么？ |
3楼2008-10-11 13:35:37
abbott
金虫 (著名写手)
不要用QQ问我东西
- 应助: 16 (小学生)
- 金币: 1071.6
- 散金: 2787
- 红花: 10
- 帖子: 1015
- 在线: 105.2小时
- 虫号: 452267
- 注册: 2007-11-05
- 性别: GG
- 专业: 计算机硬件技术
5楼2008-10-11 21:20:52