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ghzhong

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[交流] [求助] 在AMD Opteron Professor 8356的机器上怎样实现Gaussian03的并行计算

如题：

请大家提供点参考，我在AMD Opteron Professor 8356机器上已经可以运行单个cpu的Gaussian03计算了；现在想实现并行计算（就是同一个机器上的多CPU计算，而不是cluster上的多node并行），请问怎么设置呵？

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1楼 2008-10-11 11:11:36

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ghzhong

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谢谢你的回复呵。我的Gaussian03是用的编译好的，我只是设置一下bashrc文件而已，我没有用source code重新编译。在我所有的文件中有个README讲了些东西：
1.  Check that you have the correct versions of the OS, and libraries for
your machine, as listed in the file platform_e01.htm file on G03 CD.
Release notes can be found in release_e01.htm.

2.  Select a group which will own the Gaussian files. Users who will
run Gaussian should either already be in this group, or should
have this added to their list of groups. Consult your system
administrator if you need help with this process.

3.  Mount the CD. Information about how to do this for various
types of computers is given on the following page.

4.  Change to the C shell, and set the g03root and mntpnt environment
variables:

$ /bin/csh
% setenv mntpnt "/mnt/cdrom"    # Set to wherever cd is mounted.
% setenv g03root ""          # Set to install location for G03.
% cd $g03root

5.  Read the CD, set group ownership, and run the build script:

% cat $mntpnt/tar/*.taz | zcat | tar xvf -
% chgrp -R g03             # is the group from step 1.
% cd g03
% ./bsd/install

6.  You are now ready to run.
实际我就是从第5步开始解压缩我的文件，然后./bsd/install，设置好自己的bashrc文件：
export g03root=/home/test12/zf/G03
export GAUSS_SCRDIR=/home/test12/zf/laji
source $g03root/g03/bsd/g03.profile

最后他提到要想并行还要进行下列设置：
If you are using Linda for network/cluster parallel processing, then edit
the .cshrc file on each node that will be used as a linda worker. It should
contain the following lines:

if (! ($?LD_LIBRARY_PATH)) then
      setenv LD_LIBRARY_PATH XXX
endif

where XXX should be replaced by the g03 directory. $g03root is not
set at this point, so the complete path (e.g. /home/software/g03) should
be used.

我感觉对我也没有什么用呵，我也没有设置什么，所有并行还是算不成功。

请帮忙看一下，我的设置对不对。实现多cpu并行还要设置什么？

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3楼2008-10-11 13:35:37

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abbott

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不要用QQ问我东西

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在Linux系统版本的G03中，是可以直接支持共享内存的多CPU计算的。

但是你必须按照官方的说明要求和流程安装你的G03。
里面涉及到某些库文件的自动路径问题。最好是安装官方的说明安装。
不要直接使用编译好的版本。

如果你要使用4个CPU，
可以在输入文件里面加入
%Nproc=4可以了。

如果机器只有你一个人使用，
你自己的总内存保持在物理内存的80%左右。
太大的话，系统会过多的使用交换分区，导致性能下降。

提交作业的命令依旧是
g03 test.com &

OR

g03 test.i test.o &

如果不要使，请告知我。
abbott.cn@gmail.com

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Chemistry[]==[]Chem[]is[]try!!!