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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » miRNA实时荧光定量PCR内参基因U6序列如何获得？
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雨天下的犨

铜虫 (初入文坛)

[求助] miRNA实时荧光定量PCR内参基因U6序列如何获得？ 已有2人参与

最近想做miRNA的qRT-PCR，从文献中看到大都用U6做内参基因。我们这个物种是一种非模式植物，miBase数据库也没有任何关于该物种的miRNA记录，我们前期进行了miRNA测序，但公司给的结果的中只鉴定到72个miRNA，其中部分能够比对到32个miRNA家族。这些结果中也没有关于U6的信息。我该如何获得U6序列。以便设计引物？求大神指教！！！不同物种间U6保守型如何，可以根据其他物种保守序列设计引物吗？
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1楼 2016-09-15 14:24:13
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匿名

用户注销 (著名写手)
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3楼2016-09-22 22:22:43
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过烟云烟

铁杆木虫 (著名写手)
★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-09-25 22:28:52
u6是通用的内参，我以前做海参也用这个，还有u6是small nuclear rna,不是mirna

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once you've accepted your flaws, no one can use them against you.
4楼2016-09-22 22:54:16
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央宗兰泽

新虫 (初入文坛)
U6序列可以从文献或者网上百度到

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2楼2016-09-20 09:31:44
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雨天下的犨

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by pf790352975 at 2016-09-22 22:22:43
植物不懂 ，U6都是现成的内参啊   你怎么只有72miRNA  这也太少了吧

，谢谢，我们的是无参考基因植物，木本植物，没有人做过
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5楼2016-09-24 10:12:23
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雨天下的犨

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 央宗兰泽 at 2016-09-20 09:31:44
U6序列可以从文献或者网上百度到

不同物种保守性很高吗？
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6楼2016-09-24 10:12:57
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存世孤品

新虫 (小有名气)
我最近也要做这个，请问你的miRNA有多长啊，怎么设计引物？

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7楼2016-09-25 20:53:30
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雨天下的犨

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 存世孤品 at 2016-09-25 20:53:30
我最近也要做这个，请问你的miRNA有多长啊，怎么设计引物？

希望有所帮助
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8楼2016-10-04 19:04:42
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雨天下的犨

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 央宗兰泽 at 2016-09-20 09:31:44
U6序列可以从文献或者网上百度到

不同物种的U6一样吗？NCBI上能查到一种
>gi|1046754242|ref|NR_138085.1| Solanum lycopersicum U6 small nuclear RNA (U6), small nuclear RNA
GTCCCTTCGGGGACATCCGATAAAATTGGAACGATACAGAGAAGATTAGCATGGCCCCTGCGCAAGGATG
ACACGCACAAATCGAGAAATGGTCCAAAATTTT
但是我们这个是木本植物，没有记录，可以用吗？谢谢
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9楼2016-10-04 20:57:47
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雨天下的犨

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by pf790352975 at 2016-09-22 22:22:43
植物不懂 ，U6都是现成的内参啊   你怎么只有72miRNA  这也太少了吧

网上查到一个物种的U6：
>gi|1046754242|ref|NR_138085.1| Solanum lycopersicum U6 small nuclear RNA (U6), small nuclear RNA
GTCCCTTCGGGGACATCCGATAAAATTGGAACGATACAGAGAAGATTAGCATGGCCCCTGCGCAAGGATG
ACACGCACAAATCGAGAAATGGTCCAAAATTTT

我们是一种木本植物，可以用这个序列吗？
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10楼2016-10-04 20:59:04
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