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分类	共搜索到 9 个相关话题(最多显示前5000个)	作者	最后发表

分子模拟	AmberMD仿真实战初步教程(根据俺实际仿真step by step记录) AMBERHOME/bin/ambpdb-ppolyAT_wat.prmtop$AMBERHOME/bin/ambpdb-ppolyAT_wat.prmtop生成两个pdb文件：(polyAT_wat.pdb,polyAT_wat_min2.pdb)，咱们可以用VMD观察。在本机windows上启动...	georgecumt	2018-11-13 03:13
分子模拟	New format PARM file being parsed. AMBER中ambpdb命令提示NewformatPARMfilebeingparsed.怎么解决，谢谢	Hejunmei	2017-12-21 05:10
计算模拟	ambpdb AMBERHOME/exe/ambpdb-pMRP1_wat.prmtop\|NewformatPARMfilebeingparsed.\|Version=1.000Date=12/18/17Time=15:38:16怎么解	Hejunmei	2017-12-21 03:22
分子模拟	AMBER中ambpdb命令后出县以下提示 AMBER中ambpdb命令后出县以下提示：\|NewformatPARMfilebeingparsed.\|Version=1.000Date=12/18/17Time=15:54:59请问怎么解决:	我是爱问之人	2017-12-18 08:22
分子模拟	amber 里生成pdb文件的命令我想看看跑完平?后的结构，但是没有pdb文件，只有rst文件，看教程里说用AMBERHOME/bin/ambpdb-ppolyAT_wat.prmtop，但是我输入后没有反应，怎么回事？能不能在跑平?的脚本里加上一些关键...	dxl20132009	2014-07-07 11:37
计算模拟	ligplot-windows 求助 SampleText大家好，我在amber中用命令ambpdb-p*.topa.pdb得到一个pdb，想用ligplot进行分析，但是我在windows下：ligplota.pdb480480(480为ligand的编号)，屏幕上没有任何的出错信息，怎么...	zxl102623	2013-03-12 04:10
分子模拟	AMBER的amberpdb命令出错问题用ambpdb-pxx.prmtopxxmin.pdb命令后，出现Fortranruntimeerror:Badvalueduringfloatingpointread错误，生成的新pdb是0K，这是怎么回事呢？求高手指教，之前的MD是正常结束的。	903566945	2012-05-15 08:02
分子模拟	amber 动力学中 rst文件出错在用amber跑动力学的时候，不能读取第一步MD的rst文件，把第一步MD的rst文件转换为PDB时出现以下错误Atline876offile_ambpdb.f90Fortranruntimeerror:Badvalueduringfloatingpointread这是...	lanlanok	2012-02-20 03:51
分子模拟	【转帖】用Amber+Gaussian做小分子力场如果愿意的话还可以用ambpdb这个命令生成一个pdb文件，直观地看一看生成了什么东西，命令如下：$可以下载之后用看图软件欣赏，如果加了溶剂盒子的话，看的时候可要小心，会恨吓人的样子。...	御剑江湖	2011-04-07 11:22