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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 毕设小白请教用MS的pdb文件借助VMD转成lammps的data文件的问题
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huizwang

新虫 (初入文坛)

[求助] 毕设小白请教用MS的pdb文件借助VMD转成lammps的data文件的问题已有1人参与

各位前辈好，我毕设是做一个分子动力学模拟，依照师姐的指导用MS建了模型然后导出pdb文件，再在VMD里打开 用 topo writelammpsdata xx.data charge命令来转data文件
建的模是纤锌矿结构的氧化锌，但是转出来的文件在电荷量那列全是0.00000   自己手动给改成了应该的2和-2后 运行lammps报错 format不对。。。。 紧急求教各位大神，这种情况如何能使VMD文件直接能导出带正确电荷值得的data文件（pbd文件和导出的data文件在附件里上传了）




感谢各位前辈的阅读
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  • 附件 1 : ZnO5-5.pdb
    • 2015-05-08 16:07:07, 473.24 K
  • 附件 2 : ZnO.data
    • 2015-05-08 16:07:19, 152.15 K

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1楼2015-05-08 16:08:32
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
在模拟里电荷的分配与我们通常所认为的电荷不完全一样，你的电荷不一定是2和-2.第一步先通过高斯计算分配一下准确的电荷，或者你在MS里借助某种力场分配一下电荷，或者根据你所要用的力场参考一下文献来分配电荷
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2楼2015-05-10 14:20:52
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huizwang

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 赵红霞 at 2015-05-10 14:20:52
在模拟里电荷的分配与我们通常所认为的电荷不完全一样，你的电荷不一定是2和-2.第一步先通过高斯计算分配一下准确的电荷，或者你在MS里借助某种力场分配一下电荷，或者根据你所要用的力场参考一下文献来分配电荷

十分感谢您的应助，这个电荷我看了几篇文献里设的值就是2与-2，然后我尝试了下在lammps里用 set charge设了电荷值，跑了下加上了，但是结果还没出来。。。不知道能不能准确，最后再次感谢您的指导！ 多谢啦
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3楼2015-05-10 16:18:58
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zs806750658

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by huizwang at 2015-05-10 16:18:58
十分感谢您的应助，这个电荷我看了几篇文献里设的值就是2与-2，然后我尝试了下在lammps里用 set charge设了电荷值，跑了下加上了，但是结果还没出来。。。不知道能不能准确，最后再次感谢您的指导！ 多谢啦...

你好，我看了一下你的data文件，里面的键角、二面角等数据也都是0，请问用vmd转换成lammps的data文件的问题解决了吗。
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4楼2019-07-26 17:56:15
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