| 查看: 4599 | 回复: 3 | |||
| 【悬赏金币】回答本帖问题，作者huizwang将赠送您 5 个金币 | |||
[求助]
毕设小白请教用MS的pdb文件借助VMD转成lammps的data文件的问题已有1人参与
|
|||
|
各位前辈好，我毕设是做一个分子动力学模拟，依照师姐的指导用MS建了模型然后导出pdb文件，再在VMD里打开 用 topo writelammpsdata xx.data charge命令来转data文件 建的模是纤锌矿结构的氧化锌，但是转出来的文件在电荷量那列全是0.00000 自己手动给改成了应该的2和-2后 运行lammps报错 format不对。。。。 紧急求教各位大神，这种情况如何能使VMD文件直接能导出带正确电荷值得的data文件（pbd文件和导出的data文件在附件里上传了） 感谢各位前辈的阅读 |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：libolin3@tal.com - 附件 1 : ZnO5-5.pdb
- 附件 2 : ZnO.data
2015-05-08 16:07:07, 473.24 K
2015-05-08 16:07:19, 152.15 K
» 收录本帖的淘贴专辑推荐
 分子动力学-初级问题资源 |
» 猜你喜欢
国自然的面上项目，５个审稿人，５个B能上会吗？
已经有31人回复
-
审不上青基又非升即走的青椒 和 牢里踩缝纫机的犯人哪个活的更舒服一点？
已经有20人回复
-
有没有在职教师同时做博后的？
已经有4人回复
-
word转成pdf之后公式里面的字体变了，正文字体没变。
已经有10人回复
-
想被211以上高校课题组接收
已经有13人回复
-
博士去高校就是为了有寒暑假吗？
已经有28人回复
-
为什么有的影响因子高的期刊分区不高呢？
已经有4人回复
-
超过35岁的海外博士还可以进高校吗？
已经有5人回复
-
经常觉得挺累的
已经有3人回复
-
人生
已经有7人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于MS和GROMACS文件转换的问题
已经有8人回复
- 怎么将pdb文件导入ms啊
已经有6人回复
- LAMMPS的轨迹文件怎么转换为VMD的PDB文件
已经有7人回复
赵红霞
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 72 (初中生)
- 金币: 6004.1
- 散金: 141
- 红花: 33
- 帖子: 1530
- 在线: 661.2小时
- 虫号: 1544094
- 注册: 2011-12-20
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
2楼2015-05-10 14:20:52
3楼2015-05-10 16:18:58
zs806750658 
铜虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 725.8
- 散金: 12
- 红花: 11
- 帖子: 462
- 在线: 497.3小时
- 虫号: 1405619
- 注册: 2011-09-17
- 性别: GG
- 专业: 矿物学(含矿物物理学）
4楼2019-07-26 17:56:15
5