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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 初学者用LAMMPS做气体穿过多孔石墨烯遇到报错
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wood1130

新虫 (初入文坛)

[求助] 初学者用LAMMPS做气体穿过多孔石墨烯遇到报错已有2人参与

各位大神我毕设做多孔石墨烯的气体分离模拟，由于包括CH4，准备将CH4和石墨烯碳原子这三种原子用AIREBO，其他原子用LJ势，在IN文件中pair style选用了hybrid,请问使用了AIREBO的C和H是不是不用再设置bond coeff和angle coeff等，只用设置pair coeff？还有我运算时总是报错，说我没有设置bond coeff，请各位大神帮助我一下谢谢大家！，我把我的in文件放这里，其中CA是石墨烯周边C，CS是将要挖成孔的C，CO是CO2的C，OT是氧原子。目前里面只有CO2和石墨烯，石墨烯CC间用AIREBO，其他用LJ，可能具体参数不对大家不要介意，只是在试是否能计算
units           metal
boundary        p p p
#communicate     single vel yes

atom_style      full
bond_style      harmonic
angle_style     harmonic
pair_style      hybrid airebo 3.0 1 0 lj/cut/coul/long 14.0 10.0
kspace_style    pppm 1.0e-4

read_data        co2merge.data

pair_coeff      * *  airebo ../potentials/CH.airebo C NULL C NULL
pair_coeff      1 2  lj/cut/coul/long 0.0557 3.079
pair_coeff      2 3  lj/cut/coul/long 0.0557 3.079
pair_coeff      2 4  lj/cut/coul/long 0.0945 2.895
pair_coeff      2 2  lj/cut/coul/long 0.0559 2.757
pair_coeff      1 4  lj/cut/coul/long 0.1102 3.292
pair_coeff      4 4  lj/cut/coul/long 0.1599 3.033
pair_coeff      3 4  lj/cut/coul/long 0.1102 3.292

bond_coeff      3 144.821 1.149
angle_coeff     5 0.045 180.0

group                 hole   type 3
group                 mem   type 1
group                 co2   type 2 4

neighbor        2.0 bin
neigh_modify    delay 5
neigh_modify    exclude type 1 1
neigh_modify    exclude type 1 3
fix             1 hole setforce 0.0 0.0 0.0
fix             2 mem setforce 0.0 0.0 0.0dump            dumpwall all dcd 10000000 dump.co2.dcd
dump_modify     dumpwall flush yes
thermo_style    custom step cpu temp press etotal ke
thermo          100
#thermo_modify   flush yes
timestep        2.0
velocity        co2 create 300.0 34239
run             60000
write_restart   restart.eq
日志文件如下：
LAMMPS (14 Mar 2015-ICMS)
WARNING: OMP_NUM_THREADS environment is not set. (../comm.cpp:89)
  using 1 OpenMP thread(s) per MPI task
Reading data file ...
  orthogonal box = (0 0 -100) to (50 50 100)
  1 by 1 by 1 MPI processor grid
  reading atoms ...
  1200 atoms
  scanning bonds ...
  2 = max bonds/atom
  scanning angles ...
  3 = max angles/atom
  scanning dihedrals ...
  8 = max dihedrals/atom
  scanning impropers ...
  3 = max impropers/atom
  reading bonds ...
  1595 bonds
  reading angles ...
  2910 angles
  reading dihedrals ...
  5541 dihedrals
  reading impropers ...
  920 impropers
Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
  3 = max # of 1-2 neighbors
  6 = max # of 1-3 neighbors
  18 = max # of 1-4 neighbors
  18 = max # of special neighbors
Reading potential file ../potentials/CH.airebo with DATE: 2011-10-25
10 atoms in group hole
998 atoms in group mem
192 atoms in group co2
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
PPPM initialization ...
  G vector (1/distance) = 0.168083
  grid = 10 10 32
  stencil order = 5
  estimated absolute RMS force accuracy = 0.00126951
  estimated relative force accuracy = 8.81624e-005
  using double precision FFTs
  3d grid and FFT values/proc = 8325 3200
WARNING: Using a manybody potential with bonds/angles/dihedrals and special_bond exclusions (../pair.cpp:207)
ERROR: All bond coeffs are not set (../bond.cpp:69)
DATA文件主要部分：
1200 atoms
1595 bonds
2910 angles
5541 dihedrals
920 impropers
4 atom types
4 bond types
5 angle types
6 dihedral types
4 improper types
0.00000 50.00000  xlo xhi
0.00000 50.00000  ylo yhi
-100.00000 100.00000  zlo zhi

# Pair Coeffs
#
# 1  CA
# 2  CO
# 3  CS
# 4  OT

# Bond Coeffs
#
# 1  CA-CA
# 2  CA-CS
# 3  CO-OT
# 4  CS-CS

# Angle Coeffs
#
# 1  CA-CA-CA
# 2  CA-CA-CS
# 3  CA-CS-CS
# 4  CS-CS-CS
# 5  OT-CO-OT

# Dihedral Coeffs
#
# 1  CA-CA-CA-CA
# 2  CA-CA-CA-CS
# 3  CA-CA-CS-CS
# 4  CA-CS-CS-CA
# 5  CA-CS-CS-CS
# 6  CS-CS-CS-CS

# Improper Coeffs
#
# 1  CA-CA-CA-CA
# 2  CA-CA-CA-CS
# 3  CA-CS-CS-CS
# 4  CS-CS-CS-CS
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1楼2015-04-10 16:55:43
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飞利白

新虫 (初入文坛)
★
wood1130(abinitio代发): 金币+1, 鼓励交流 2015-04-13 11:01:10
你的pair_coeff 1 3  没有设置，你的1和3分别使用airebo，那1类和3类碳原子之间也是吗，你先试试加上pair_coeff    1 3   lj/cut/coul/long 0.0557 3.079看看还报错不，如果不报错那就是1和3之间的没有设置
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2楼2015-04-11 21:48:31
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飞利白

新虫 (初入文坛)
不好意思，我看错报错原因了，是bond不是pair，为什么你的bond_coeff      3 144.821 1.149键上来就是type 3了？bond类型不是1 2  3，我没用过这个力场，但是你要是键写出来就得设置bond_coeff吧，没有系数就直接不写了。还是得看看你那个力场AIREBO，
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3楼2015-04-11 22:02:52
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wood1130

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 飞利白 at 2015-04-11 21:48:31
你的pair_coeff 1 3  没有设置，你的1和3分别使用airebo，那1类和3类碳原子之间也是吗，你先试试加上pair_coeff    1 3   lj/cut/coul/long 0.0557 3.079看看还报错不，如果不报错那就是1和3之间的没有设置

可是1 3之间难道不是也应该适用AIREBO
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4楼2015-04-11 23:28:12
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wood1130

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 飞利白 at 2015-04-11 21:48:31
你的pair_coeff 1 3  没有设置，你的1和3分别使用airebo，那1类和3类碳原子之间也是吗，你先试试加上pair_coeff    1 3   lj/cut/coul/long 0.0557 3.079看看还报错不，如果不报错那就是1和3之间的没有设置

可是1 3之间难道不是也应该适用AIREBO吗，AIREBO不是包括了长程力难道不是任意两两原子之间的力吗，为什么还要设置成LJ呢
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5楼2015-04-11 23:30:12
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wood1130

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 飞利白 at 2015-04-11 22:02:52
不好意思，我看错报错原因了，是bond不是pair，为什么你的bond_coeff      3 144.821 1.149键上来就是type 3了？bond类型不是1 2  3，我没用过这个力场，但是你要是键写出来就得设置bond_coeff吧，没有系数就直接不 ...

因为另外三个键我觉得都是包括在AIREBO中的，不知道我理解的有没有问题，因为官方帮助里面有这么一句话Only a single pair_coeff command is used with the airebo or rebo style which specifies an AIREBO potential
file with parameters for C and H.
因为AIREBO有三项相加，其中第一项就是短程作用力，我就理解为包含了键的作用。不知道对不对
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6楼2015-04-11 23:35:01
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无事忙0930

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我也遇到过类似的问题，可能是别的设置出了错 如键角的设置 我的键角设置错误就出现过这种报错，另外，我想请教下，data文件中的angles下面的数据是怎么得到的？有什么关系式吗？下面的是水的键角，硫酸根的键角该如何得到？
angles
1 1 1 3 2
2 1 4 6 5
3 1 7 9 8
4 1 10 12 11
5 1 13 15 14
6 1 16 18 17
7 1 19 21 20
8 1 22 24 23
9 1 25 27 26
10 1 28 30 29
11 1 31 33 32
12 1 34 36 35
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7楼2016-12-19 22:06:04
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kkwzsm

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

楼主您好，你用airebo势函数描述graphene，看你data文件中的键角信息是CO2的还是graphene 的？在in 文件中调用CH.Airebo势函数后，有没有写到graphene的键角信息呢？
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吃的苦中苦，方为人上人。。。。
8楼2017-08-22 09:40:32
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