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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【在线答疑】关于NAMD/VMD (v2)
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nufang19a

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
bay,你好。我按照你对其他人的回帖，自己也得出了正确的结果，可仍有一问题：http://www.mdbbs.org/viewthread. ... mp;extra=#pid116946，可以给我指点指点吗？？
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11楼2010-05-13 16:25:44
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nufang19a

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我的vmd在linux终端只要输入vmd就可运行，所以我就没有设置环境变量。还发现一个有趣的事，就是到目前为止只要是在教程中有> vmd -dispdev text -e *******。我只要在终端输入source*****就可以了。即> vmd -dispdev text -e 好像在意义上等于source。到现在为止还不知为什么。郁闷
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12楼2010-05-13 17:11:29
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4):谢谢 2010-05-14 19:54:40
引用回帖:
我的vmd在linux终端只要输入vmd就可运行，所以我就没有设置环境变量。

linux 下, vmd 启动程序会被放到PATH 里面, 直接输入就可以了.
windows 下, vmd 存放的那个目录不会自动设置成PATH, 需要手动设置或
用绝对路径在命令行下启动vmd
引用回帖:
还发现一个有趣的事，就是到目前为止只要是在教程中有> vmd -dispdev text -e *******。我只要在终端输入source*****就可以了。即> vmd -dispdev text -e 好像在意义上等于source。到现在为止还不知为什么。郁闷

vmd -dispdev text -e 需要在bash 或windows 下的cmd 中输入, 这就是为什么要在windows 下也要把vmd 设置环境变量的原因
source 要在vmd 中输入. 两者作用相同, 都是用vmd 执行那个文件的内容.
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13楼2010-05-13 20:39:39
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jilinjohn

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
bay兄 接着讨论同源模建出来的蛋白质 一般而言优化多长时间才能达到蛋白的稳定构象，以什么标准来选取优化时间；还有就是如果从pdb库中抽出的晶体结构，有无做动力学的必要，呵呵 貌似跟VMD没太多关系 呵呵
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http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=696776&view=old
14楼2010-06-05 20:06:22
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+6):谢谢 2010-06-09 10:06:20
引用回帖:
Originally posted by jilinjohn at 2010-06-05 20:06:22:
bay兄 接着讨论同源模建出来的蛋白质 一般而言优化多长时间才能达到蛋白的稳定构象，以什么标准来选取优化时间；还有就是如果从pdb库中抽出的晶体结构，有无做动力学的必要，呵呵 貌似跟VMD没太多关系 呵呵

1
判断平衡是MD 中最困难的一步
平衡后各个量(E,V,RMSD等)都不再变化, 但少数几个量不变化了不等于体系已经平衡
有些量收敛很快, 比如T和E, 不能仅仅靠这些量来判断
比如双亲分子自组装, T和E 几个ns 就收敛了, 而体系的平衡需要上百微妙
这个判断需要的是深厚的经验和精准的直觉, 没有什么好的技巧可言
2
这个看情况, MD 的结果和晶体数据不符时候, 哪个更可靠
MD 的误差来源于势函数的粗糙, 晶体的误差来源于测量环境的变化
一般说来前者不可靠, 但不绝对
某些情况, 比如膜蛋白的晶体结构和膜内结构一定会有些差别
用晶体数据未必能体现膜蛋白的真实结构
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15楼2010-06-09 09:42:16
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77585218358

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
楼主帮忙看看这个问题你能解决吗？http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2168172
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16楼2010-06-25 07:55:39
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+5):谢谢 2010-06-25 11:20:37
引用回帖:
刚刚接触VMD，想请教一下如何生成聚乙烯的psf文件，我用里面自动生成的工具不行。请教各位如何解决？

先制作聚乙烯的pdb 文件, 再制作单个分子的top 文件
然后才能生成
两种方法
1是把整条链看做一个residue, 2是把单CH2 看作一个residue
相比较前一种容易上手做, 后一种简便但需要更多功底
pdb/psf/top/par 的文件格式在namd tutorial 和x-plor manual 中, 这个是学习namd 最基础最重要的功力, 必须谙熟
某些关键的, 一劳永逸的步骤我可以帮你做, 但大部分还得靠你自己

你先把制作的pdb 发上来我做个top 试试看
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17楼2010-06-25 09:11:24
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574384607

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
bay哥
我想做spc水溶液中体系的动力学模拟，不过现在不知道该怎么做spc水盒子。VMD中默认加的是tip3p的，我看了看solvent文件，不过现在水平有限，没看懂。我现在用的是tip3p的水溶液，太慢了，真的是太慢了，听说换成spc的会快些。我不知道你怎么解决的spc水溶液问题，没从网上找到spc水溶液相应的脚本和top给指点指点，谢谢
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18楼2010-07-06 17:48:16
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2010-07-09 17:22:10
引用回帖:
Originally posted by 574384607 at 2010-07-06 17:48:16:
bay哥
我想做spc水溶液中体系的动力学模拟，不过现在不知道该怎么做spc水盒子。VMD中默认加的是tip3p的，我看了看solvent文件，不过现在水平有限，没看懂。我现在用的是tip3p的水溶液，太慢了，真的是太慢了，听 ...

spc 和tip3p 仅差了参数的数值, 不会比tip3p 速度快
可以做出pdb 后用psfgen 重新制作
换一下vmd中solvate 文件夹下的wat.top 应该可以, 没有试过
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19楼2010-07-06 19:26:07
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574384607

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-07-06 19:26:07:

spc 和tip3p 仅差了参数的数值, 不会比tip3p 速度快
可以做出pdb 后用psfgen 重新制作
换一下vmd中solvate 文件夹下的wat.top 应该可以, 没有试过

版主，我把wat。top改了改，里面好像没什么东西，没看到有什么键角信息，我就只改了电荷易盘下载:
http://www.163pan.com/files/80d001g05.html
文件名称:
        wat.top
==============================
你帮忙看看这样就可以了吗？谢谢
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20楼2010-07-06 21:16:37
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