24小时热门版块排行榜    

查看: 3824  |  回复: 49
本帖产生 2 个 模拟EPI ,点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

[交流] 【在线答疑】关于NAMD/VMD (v2)已有11人参与

在线答疑 关于NAMD/VMD 第一版 (地址) 自开贴来运行不错,
但最近因超过1年无法回复, 特重开一贴, 希望能和大家多多交流

很多问题在上一版中已有详细讨论, 提问之前请先翻阅那个帖子
MD 之路漫漫, 自己主动寻找答案才是正途, 不要总是寄希望于别人
这里是一个专业论坛, 古老的帖子禁止回复是一种没有远见的设置
有些东西是不会随着时间的推移而失去价值的

[ Last edited by lei0736 on 2010-5-4 at 20:08 ]
回复此楼
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2010-07-09 17:22:10
引用回帖:
Originally posted by 574384607 at 2010-07-06 17:48:16:
bay哥
我想做spc水溶液中体系的动力学模拟,不过现在不知道该怎么做spc水盒子。VMD中默认加的是tip3p的,我看了看solvent文件,不过现在水平有限,没看懂。我现在用的是tip3p的水溶液,太慢了,真的是太慢了,听 ...

spc 和tip3p 仅差了参数的数值, 不会比tip3p 速度快
可以做出pdb 后用psfgen 重新制作
换一下vmd中solvate 文件夹下的wat.top 应该可以, 没有试过
19楼2010-07-06 19:26:07
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 50 个回答

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):好活跃 2010-05-04 20:03:31
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-05-04 18:50:59:
在线答疑 关于NAMD/VMD 第一版 (地址) 自开贴来运行不错,
但最近因超过1年无法回复, 特重开一贴, 希望能和大家多多交流

很多问题在上一版中已有 ...

呵呵~抢个沙发~Bay兄,你觉得利用NAMD的分子动力学来模拟突变体对底物和酶的结合是否可以实现呢?比方说通过计算结合能的变化?
2楼2010-05-04 19:30:57
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
雪狼乖乖(金币+3):谢谢 2010-05-04 22:07:37
原帖地址 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1308637&fpage=1
我画蛇添足一下 虽然BAY兄弟已经给出 怕粗心的找不到
3楼2010-05-04 20:05:15
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
BAY兄,再请教你一下,针对I3这类集成了GPU的CPU,在LINUX环境下可以使用Gpu加速计算吗?
4楼2010-05-05 13:04:24
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 交友 +5 xkkl 2024-06-08 5/250 2024-06-12 11:35 by messi2
[硕博家园] 机械研究生如何拿到年薪40+w +11 阿巴阿巴哦哦 2024-06-11 12/600 2024-06-12 09:47 by Anivia2015
[考博] 博导推荐 +5 落雨吃鸡蛋 2024-06-07 7/350 2024-06-12 09:37 by 海晏河清!
[硕博家园] 考博应该从哪里开始准备 +4 亮姐2019 2024-06-11 4/200 2024-06-12 08:53 by caocao4735
[找工作] 应届大龄土博教职选择,石河子大学和广西大学 10+4 茅山老道士 2024-06-10 28/1400 2024-06-12 08:51 by caocao4735
[找工作] 成都产品质量检测研究院 200+3 鲸鱼663 2024-06-11 6/300 2024-06-12 08:50 by p-cloud
[教师之家] 关于2023的收入 +24 小龙虾2008 2024-06-10 24/1200 2024-06-12 08:47 by caocao4735
[硕博家园] 这样的课题组值得去吗 +9 hyeooon 2024-06-07 9/450 2024-06-12 08:45 by 3001160025
[基金申请] 请问评审专家医学口今年函审是哪天结束的? +4 hyzs6688 2024-06-08 17/850 2024-06-11 23:43 by zhanghaozhu
[基金申请] 连续两年医学口青年项目初审体会 +7 进击的荣耀 2024-06-09 12/600 2024-06-11 18:01 by 进击的荣耀
[食品] 食品博士导师 +3 小李醒yy 2024-06-11 4/200 2024-06-11 10:50 by 小李醒yy
[硕博家园] 迷茫的毕业季 +6 独孤老狗 2024-06-08 6/300 2024-06-11 10:43 by 浅唱,唱歌好听
[论文投稿] water research状态咨询 5+3 Flyyawa 2024-06-10 6/300 2024-06-11 09:45 by bobvan
[基金申请] C口食品 +4 好好不过分 2024-06-09 16/800 2024-06-09 22:08 by Pickfoot
[论文投稿] 毕业后发文章 +5 Prome_Epime 2024-06-06 5/250 2024-06-08 07:11 by therotyonth
[基金申请] 5B能上会么? +12 Tenfu 2024-06-05 14/700 2024-06-06 22:34 by mch20120521
[论文投稿] 电化学投稿 +4 爱安沐梅梅 2024-06-06 14/700 2024-06-06 21:51 by 爱安沐梅梅
[论文投稿] under consideration是被拒了了吗? +3 alive.... 2024-06-06 3/150 2024-06-06 12:21 by 知识产权服务
[论文投稿] 博士学的是健康教育,需要自己找课题,哪位大神帮忙指导一下,选什么健康教育课题呢? 30+3 lepeau 2024-06-05 5/250 2024-06-06 11:38 by nono2009
[基金申请] 各位,F01口的YQ有收到通知的吗? +3 zmm891258 2024-06-05 5/250 2024-06-05 17:06 by godlovewho
信息提示
请填处理意见