24小时热门版块排行榜     石溪大学接受考研调剂申请>

【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
查看: 2303  |  回复: 9

zengjiarui

新虫 (初入文坛)

[求助] 诚心请教:两株菌的16S测序结果很相似,可以算是同一株菌吗?谢谢!已有4人参与

分离了一些肠球菌,27F和1492R引物对扩增测序后,发现它们的序列信息很相似,很多只在序列的首尾部分有一些不同碱基,请教一下它们会是同一株菌吗?非常感谢!
回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pansyg12

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
不是可以把序列拿去NCBI里比对
2楼2021-01-08 16:47:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

嘟嘟熊levi

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
看你的实验目的,单单只是做一个鉴定,NCBI中去比对就好了,看得分和相似性。如果要是论文中的一部分数据,还要建树,还有其他的形态和生理生化鉴定。
我凝望天涯,寻觅我的诗句
3楼2021-01-08 20:19:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zengjiarui

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by pansyg12 at 2021-01-08 16:47:36
不是可以把序列拿去NCBI里比对

已经在NCBI里比对过了,大概可以确认种属,只是不知道我得到的那几株菌,会不会其实是同一株?
4楼2021-01-08 20:26:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zengjiarui

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 嘟嘟熊levi at 2021-01-08 20:19:36
看你的实验目的,单单只是做一个鉴定,NCBI中去比对就好了,看得分和相似性。如果要是论文中的一部分数据,还要建树,还有其他的形态和生理生化鉴定。

其实主要问题不是鉴定种属,而是想确认一下,分离得到的那几株菌,会不会其实是同一株?毕竟它们的16S序列很相似
5楼2021-01-08 20:27:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zg14151

新虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by zengjiarui at 2021-01-08 20:27:58
其实主要问题不是鉴定种属,而是想确认一下,分离得到的那几株菌,会不会其实是同一株?毕竟它们的16S序列很相似...

如果是同一个样品中分离到的,就可能性大,

发自小木虫Android客户端
6楼2021-01-08 23:13:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

doukezhiwu

木虫 (著名写手)

建议再做其他持家基因的序列扩增和测序,更容易确定是否同意菌株。
7楼2021-01-11 23:22:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

独登楼倚栏

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

16S一致度多高?可以做形态、生理生化指标的一些分析
8楼2021-01-12 23:07:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

minghong222

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zengjiarui: 金币+30, ★★★★★最佳答案 2021-01-14 10:02:29
将16S测序结果去掉头尾峰值较差的碱基后,将你测得的几株菌序列在NCBI中进行两两比对,看一下相似性到底有多高,如果相似性在99%以上,那证实是同一个种。在这个前提下,如果同一个样品、同一种培养基上挑取纯化的菌落,基本上可以证实是同一株菌;但如果是在不同样品、不同分离培养基下挑取的菌株,即使相似性是在99%以上,也只能证实是同一个种,但不能证实是同一株菌。如果想进一步证实是否是同一株菌,就要将这几株菌在同等条件下,一起进行生理生化实验,如果生理生化实验相同,可以证实是同一株菌。
此处是知识的摇篮,解惑的圣地
9楼2021-01-13 09:30:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wamt6904

禁虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小冀-: 金币-10, 屏蔽内容, 违规存档, 本版块禁止发一切形式的广告、链接及联系方式 2021-01-19 16:18:59
本帖内容被屏蔽

10楼2021-01-13 21:27:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zengjiarui 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 研二光催化6月底四篇二区什么水平 5+5 wjtab 2024-04-22 15/750 2024-04-26 19:25 by wjtab
[基金申请] 基金开始函评了吗? +15 wych1103 2024-04-25 15/750 2024-04-26 17:10 by xuechenli
[有机交流] 环肽的合成 +3 徐来不惊 2024-04-25 5/250 2024-04-26 16:56 by 徐来不惊
[考研] 381求调剂 +4 小刺猬987654321 2024-04-25 6/300 2024-04-26 10:57 by czl12138
[基金申请] "颜宁:基础研究应顶天立地"能做到基础研究同时顶天立地的才是牛人 +5 zju2000 2024-04-24 5/250 2024-04-26 09:36 by LittleBush
[教师之家] 某种做法不行。说过几遍了。同学还那样做。再那样做就给低分 +4 河西夜郎 2024-04-24 4/200 2024-04-26 08:51 by Quakerbird
[论文投稿] Nature一直在编辑手里,考虑好几天了,是悬了吗 +12 彩虹初见 2024-04-24 12/600 2024-04-25 19:21 by 雪径踏青
[教师之家] 期末给学生划重点都是什么话术啊 +16 luokereng 2024-04-20 18/900 2024-04-25 15:46 by BusyGer
[考博] 求博导 +6 好okjh 2024-04-21 10/500 2024-04-25 14:04 by 好okjh
[论文投稿] 一直找不到审稿人 +5 lizhengke06 2024-04-21 6/300 2024-04-25 14:01 by chongdong
[硕博家园] 聊天 +11 暮色恋伊人 2024-04-22 12/600 2024-04-25 13:53 by UCTS
[基金申请] 国社科项目,你们学校都限额申报吗? +7 屡战屡败 2024-04-21 10/500 2024-04-25 12:10 by 屡战屡败
[基金申请] 前同事拿我以前未中的国自然标书申请今年的国自然,现在基金委发来调查函 +33 bjdxyxy 2024-04-19 53/2650 2024-04-25 08:05 by 大雁高飞
[访问学者] CSC的访问学者申请,没有个评审意见,也不知道怎么改,还有必要申请吗 +4 flyingship 2024-04-20 4/200 2024-04-24 21:09 by 59038mute
[基金申请] 化学结清有情发出来了 +3 starboy7286 2024-04-20 3/150 2024-04-24 15:52 by 嘿,黑贝
[教师之家] 大家访学都是怎么找的啊? +3 luokereng 2024-04-22 3/150 2024-04-24 11:40 by xuechenli
[论文投稿] 期刊推荐 20+4 木颜尘ip 2024-04-22 7/350 2024-04-24 10:06 by bobvan
[考博] 申博成果界定是根据Jcr分区还是中科院分区 +4 我属驴核动力驴 2024-04-22 5/250 2024-04-24 08:47 by 晓目崇
[论文投稿] 研究光催化的,好中的三四区 20+3 sl.0117 2024-04-20 3/150 2024-04-22 09:53 by bobvan
[硕博家园] 材料工程,二本硕士,值得读吗 +3 简风23 2024-04-20 6/300 2024-04-21 12:19 by 简风23
信息提示
请填处理意见