| 查看: 977 | 回复: 2 | |||
[交流]
使用MolAICal快速进行从头药物设计已有1人参与
|
|
使用MolAICal快速进行从头药物设计 更多教程（含英文教程）请见如下： MolAICal官方主页：https://molaical.github.io MolAICal 文章介绍：https://doi.org/10.1093/bib/bbaa161 MolAICal中文博客：https://molaical.github.io/cntutorial.html MolAICal blogspot：https://qblab.blogspot.com 简介 本教程选择Mpro作为研究实例来介绍MolAICal从头药物设计的功能。Mpro的晶体结构已经被科学家解析出来 (PDB ID: 6LU7, 6Y2F, etc)（如图1所示），具体实例可以参考：https://molaical.github.io/quickstart.html  图1. 蛋白受体mpro的结构 工具 1. 所需软件下载地址 1) MolAICal: https://molaical.github.io 2) UCSF Chimera: https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/ 请确保软件的正确安装。 2. 示例文件 软件操作教程中示例文件下载地址如下： https://github.com/MolAICal/tutorials/tree/master/000-quickStart 操作流程 1. 下载并打开教程文件“InputParFile.dat”文件, 本教程需要对四个参数进行修改，修改内容如下: ------------------------------------------------------------------------------------------ receptorPDB mproNolig.pdb startFragFile startFrag.mol2 centerPoints -10.733 12.416 68.829 boxLengthXYZ 30.0 30.0 30.0 ------------------------------------------------------------------------------------------- 将“receptorPDB” 设置为无配体结合的Mpro结构文件。将“startFragFile”设置为初始片段。“centerPoints”和“boxLengthXYZ” 分别代表盒子中心和长度。 2. 下载并打开教程文件夹“000-quickStart”, 运行如下命令: 结果 计算结果保存在名为“001-AIGrow/results”的文件夹中。“AstatisticsFile.dat”文件记录了所设计配体的contain ID, Name, Cluster, Affinity, Formula, InChIKey等信息。此文件只是对结果的一个简单演示，不含完整运算结果。完整结果可以在所有运算结束后获得。打开蛋白受体的配体N3晶体结构文件ligand.mol2，及软件生成的配体结构文件lig_11.mol2，如图2所示:  图2. 软件设计的Mpro配体结构（白色）和Mpro抑制剂N3的晶体结构（红色） |
回复此楼» 猜你喜欢
大佬们，哪位大神知道E09有没有送啊？
已经有7人回复
-
有知道工材e01情况的吗？
已经有13人回复
-
优秀毕业论文 指导教师，普通老师有希望吗？
已经有5人回复
-
博三一直没文章怎么办
已经有25人回复
-
求考研导师(24年底我才考，材料类，提前联系)
已经有7人回复
-
又忍不住想吐槽文科的学术圈
已经有4人回复
-
考博跨专业可以跨多远
已经有5人回复
-
绍兴文理学院怎么样？有没有坑啊
已经有11人回复
-
谁要做个人网站，可以交流啊！
已经有32人回复
-
有博导缺学生吗，我可以当牛做马
已经有58人回复
xufund
至尊木虫 (知名作家)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 18236.7
- 散金: 20
- 红花: 5
- 帖子: 6734
- 在线: 811.7小时
- 虫号: 311488
- 注册: 2006-12-30
- 专业: 合成药物化学
2楼2020-12-26 19:54:57
3楼2021-01-15 21:02:13
105