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学术帝

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1楼2019-03-02 16:10:43
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598878157

版主 (文学泰斗)
★
学术帝(金币+1): 谢谢参与
哈哈

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8楼2019-03-02 18:02:05
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杳浅墨

木虫 (著名写手)
★
学术帝(金币+1): 谢谢参与
不用看图一，图二坐标下面就是分子的连接关系，一般是没用的，可以不加！
除非计算大的二聚体怕优化后变形才使用！

发自小木虫Android客户端
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2楼2019-03-02 16:29:10
 已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

paramecium86

版主 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
学术帝(金币+1): 谢谢参与
小红豆: 金币+20, 感谢交流 2019-03-06 08:40:54
这是两种不同的坐标系统。第一种是Z-matrix 内坐标。第二种是 Cartesian 坐标。
Cartesian坐标系统比较容易理解就是 原子相对于原点的X Y Z坐标。
而Z-matrix 内坐标重在描述分子内各个原子的相对位置关系。
Z-matrix 如果自己来写的话 也是要花一番功夫的。尤其是对于很大的分子。一个一个写是比较麻烦的。不过 z-matrix在算一些scan或者 relax scan的任务，或者说需要人为的规定并保证优化过程中不破坏分子的对称性的时候有奇效。
Z-matrix内坐标大概的写法就是 先自己规定一个原子作为基准。写在第一行。比如楼主给的例子里的 C。
第二行 第二个原子需要描述这个原子对于第一个原子的相对位置。此时第二个原子对于第一个原子只有距离一个变量。例子里 第二行 H 1 R的意思就是  第二个原子是H 相对于 第1个原子 有个变量 R。
第三行 低三个原子需要描述这个原子对于第一个 第二个原子的相对位置。需要定义两个变量一个是 距离 一个是 角度。 H 1 R 2 109.47122 的意思就是  对于 第一个原子C相对距离 依然是 R，（注意如果这里依然使用 相同的R作为变量的名字，那潜在的意思就是  认为第三个原子 H 到第一个原子的距离严格等于 第二个原子H到第一个原子的距离。那么在优化过程中 高斯软件会一直让这个距离相等。要变一起变。所以内坐标对于某些情况 比如需要严格定义 对称性 或者做一些scan或者柔性扫描的时候用z matrix 会比用 Cartesian坐标更加便利。）；除了距离 还需要定义角度。2 109.47 的意思就是  角度3-1-2 是109.47， 直接写数字而不是变量名字的意思就是 这个角度不参与优化过程 永远规定在109。47度。
第四行 第四个原子除了需要规定 距离 角度 还需要多规定一个二面角  ，例子里  H 1 R 2 109.47122 3 -120.0 意思就是 二面角 4123 的角度是 -120。0度  从第四个原子之后每一个原子都要用 距离 角度 二面角来定义。  

那么对于一个分子来说 一共就需要规定 3N-6个量 去定义。

当然 如果你不想自己写，那上面这堆其实可以不看。毕竟高斯可以自己生成。而且高斯软件其实自己默认在程序运算时候 默认使用的是 z matrix进行优化的。也就是即使你写了 cartesian坐标 如果不可以规定必须用 cartesian坐标优化 高斯程序内部会先转化 cartesian坐标为z matrix 再进行优化的。因为这样比较快。且更容易收敛。

用Gaussview自动生成 z matrix方法如下。
如果用的 Gaussview5 那就是画完分子结构  设置好参数 点击edit --save 之后 界面左下角去掉勾选 wirte cartesian这个框。 那生成的就是 z matrix坐标。见图1
如果用的Gaussview6  那就是画完分子结构  在设置参数界面里 选择 General 选项卡 里面去掉勾选 write cartesian 这个选项。那就可以生成 z-matrix坐标。这时候在Preview标签卡里就能看到内坐标了。见图2
gauss view构建分子说明部分
123.png


gauss view构建分子说明部分-1
223.png
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学术帝
14楼2019-03-03 00:59:54
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nono20097楼
2019-03-02 17:52  
学术帝(金币+1): 谢谢参与
。 发自小木虫Android客户端
youngen10楼
2019-03-02 18:14  
学术帝(金币+1): 谢谢参与
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ysp18484楼
2019-03-02 16:55  
学术帝(金币+1): 谢谢参与
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敏敏的爸6楼
2019-03-02 17:45  
学术帝(金币+1): 谢谢参与
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