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新虫 (小有名气)

[交流] 关于建立amorphous cell的密度问题已有2人参与

看文献就是NPT、NVT 来回动力学模拟实现密度的还原。我想请教一下,下面的at the relaxed density该如何实现,是直接用前面动力学模拟生成的晶胞进行运算吗?还是有其他的操作呢?
Accomplishment of MD simulation with NVT ensemble at 298.15 K was done at the relaxed density for 3 ns employing cell multipole method (CMM).
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10楼2019-01-16 17:50:29
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2楼2019-01-15 17:31:49
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943886740

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 天大化工 at 2019-01-15 17:31:49
应该就是先npt模拟

因为我之前用的是逐渐加压多次NPT模拟,发现每次都是从初始密度开始模拟。文献里的在松弛状态下的密度进行NVT怎么实现呢?现在搞不太懂。
3楼2019-01-15 18:27:05
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匿名

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4楼2019-01-15 21:23:26
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5楼2019-01-15 21:27:12
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943886740

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 天大化工 at 2019-01-15 21:23:26
…那是因为你第二次模拟的时候用的还是初始构型,而不是第一次模拟得到的构型。
...

那是不是要在job control里选择update structure呢。
因为我每次进行下一步运算之前都是用上一步得到的模型算,结果密度还是从初始的设定开始上升的。

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6楼2019-01-16 12:12:52
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新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 天大化工 at 2019-01-15 21:27:12
nvt模拟密度是不变的,这句话的意思应该就是让你先得到一个准确的密度再进行nvt模拟。因为建模时自己输入的密度是不准确的。没必要多次升压吧,你体系的实际压力温度是如何的就在实际情况下模拟。
...

好哒 因为看的文献里的操作步骤是这样子的。自己又是初学者对综系没有理解透彻。

发自小木虫Android客户端
7楼2019-01-16 12:14:29
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943886740

新虫 (小有名气)

8楼2019-01-16 12:18:28
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引用回帖:
6楼: Originally posted by 943886740 at 2019-01-16 12:12:52
那是不是要在job control里选择update structure呢。
因为我每次进行下一步运算之前都是用上一步得到的模型算,结果密度还是从初始的设定开始上升的。
...

用了update structure 还是不行,不知道那个操作有问题。我就是双击计算后文件夹里的structure,然后forcite计算,每次的密度都是从初始开始。
9楼2019-01-16 16:38:16
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