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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 关于建立amorphous cell的密度问题
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943886740

新虫 (小有名气)

[交流] 关于建立amorphous cell的密度问题已有2人参与

看文献就是NPT、NVT 来回动力学模拟实现密度的还原。我想请教一下，下面的at the relaxed density该如何实现，是直接用前面动力学模拟生成的晶胞进行运算吗？还是有其他的操作呢？
Accomplishment of MD simulation with NVT ensemble at 298.15 K was done at the relaxed density for 3 ns employing cell multipole method (CMM).
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943886740

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1楼2019-01-15 16:45:18
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943886740

新虫 (小有名气)
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2楼: Originally posted by 天大化工 at 2019-01-15 17:31:49
应该就是先npt模拟

因为我之前用的是逐渐加压多次NPT模拟，发现每次都是从初始密度开始模拟。文献里的在松弛状态下的密度进行NVT怎么实现呢？现在搞不太懂。
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3楼2019-01-15 18:27:05
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943886740

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 天大化工 at 2019-01-15 21:23:26
…那是因为你第二次模拟的时候用的还是初始构型，而不是第一次模拟得到的构型。
...

那是不是要在job control里选择update structure呢。
因为我每次进行下一步运算之前都是用上一步得到的模型算，结果密度还是从初始的设定开始上升的。

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6楼2019-01-16 12:12:52
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新虫 (小有名气)
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5楼: Originally posted by 天大化工 at 2019-01-15 21:27:12
nvt模拟密度是不变的，这句话的意思应该就是让你先得到一个准确的密度再进行nvt模拟。因为建模时自己输入的密度是不准确的。没必要多次升压吧，你体系的实际压力温度是如何的就在实际情况下模拟。
...

好哒 因为看的文献里的操作步骤是这样子的。自己又是初学者对综系没有理解透彻。

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7楼2019-01-16 12:14:29
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8楼2019-01-16 12:18:28
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新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 943886740 at 2019-01-16 12:12:52
那是不是要在job control里选择update structure呢。
因为我每次进行下一步运算之前都是用上一步得到的模型算，结果密度还是从初始的设定开始上升的。
...

用了update structure 还是不行，不知道那个操作有问题。我就是双击计算后文件夹里的structure，然后forcite计算，每次的密度都是从初始开始。
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9楼2019-01-16 16:38:16
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新虫 (小有名气)
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引用回帖:
10楼: Originally posted by 天大化工 at 2019-01-16 17:50:29
你还没有很好理解轨迹这个概念，动力学模拟每隔一段时间会保存一个轨迹，在模拟前可以设置。模拟过程是震荡平衡过程，所以一般前面一段时间是不平衡的状态，所以如果要连续多次模拟，要选用上次模拟的平衡状态的轨 ...

非常感谢  解决困扰我好几天的问题  谢啦！
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11楼2019-01-16 20:40:05
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新虫 (小有名气)
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12楼: Originally posted by lzq_buct at 2019-01-18 08:37:24
下午我给你贴个图，做模拟时候每多少步会有一个帧输出。要选用最后一帧作为第二阶段的模拟初始构象

好的  谢谢啦

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13楼2019-01-18 15:58:16
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新虫 (小有名气)
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15楼: Originally posted by lzq_buct at 2019-01-19 16:04:26
就是这个，里面有一个current frame

好的 看到啦 谢谢
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16楼2019-01-19 21:10:06
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