药物靶点预测系统
药物虚拟筛选系统
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药物靶点预测系统案例分析1
马齿苋(portulaca oleracea l.)属马齿苋科马齿苋属,性喜肥沃土壤,耐旱亦耐涝,生活力强,生于菜园、农田、路旁,为田间常见杂草,广布全世界温带和热带地区。全草供药用,有清热利湿、解毒消肿、消炎、止渴、利尿作用(1)。
近几年研究发现中药马齿苋具有治疗哮喘的作用。王国玉等(2,3)发现马齿苋水提物通过兴奋β受体松弛气管平滑肌,对豚鼠喘息模型有显著的平喘作用。askari等(4)则发现马齿苋乙醇水提取物对豚鼠气管平滑肌的β2-肾上腺受体起激动作用。
2018年3月,jnp杂志刊发了一篇来自山东大学的向兰教授等署名的文章(5)。文章发现马齿苋中儿茶酚异喹啉类化合物对β2-肾上腺受体起激动作用。向兰教授等从马齿苋中分离出10个水溶性的儿茶酚异喹啉类天然产物,其中化合物2为新化合物,其对β2-肾上腺受体激动活性达 5.1μm。
最近,爱菩新医药公司上线了 药物靶点预测系统 ,为了验证该系统的可靠性,我们将该化合物2提交到系统进行预测。计算结果发现该化合物与系统化合物lg000171489具有73%的相似性(使用系统三维相似度_wega算法(6)),其三维叠合效果如下:
三维叠合图可见,两个分子的三维形状相似,骨架吻合程度较高,位置a均为两个邻位的酚羟基,b则均为氢键受体,c则均为氢键供体,两个分子的药效团类似,所以这两个分子的相似度打分(三维形状及药效团的综合打分)较高。
lg000171489与化合物2的二维结构对比如下:
化合物lg000171489发表于jmc杂志上(1993年),该文章发现此化合物对β2-肾上腺受体具有一定的激动作用,ki达4.9μm,而使β2-肾上腺受体兴奋的药物可用于治疗哮喘。
因此,药物靶点预测系统 基于化合物间相似性原理,可用来预测新合成化合物或天然产物的作用靶点,有助于辅助科学研究。
相关参考资料:
1. 1996《中国植物志》第26卷 037页。
2. 王国玉等。马齿苋水提取物的平喘作用研究。世界中医药。2014, 10, 1338-1340。
3. 王国玉等。马齿苋水提取物平喘作用与β受体和m受体的关系。军事医学。2015, 9, 688-690。
4. askari, vr et al. hydro-ethanolic extract of portulaca oleracea affects beta-adrenoceptors of guinea pig trachealsmooth muscle. iranian journal of pharmaceutical research. 2016, 15, 867-874。
5. lan xiang et al. catecholic isoquinolines from portulaca oleracea and their anti-inflammatory and β2-adrenergic receptor agonist activity. jnp. 2018, 4,768-777。
6. xu, j. et al. enhancing molecular shape comparison by weighted gaussian functions. jcim. 2013, 53, (8), 1967-78。
爱菩新 药物靶点预测系统 是一款由爱菩新医药开发的、已获美国及国内专利授权的、具有自主知识产权的软件系统。系统基于配体相似度方法来预测化合物的药理作用靶点,为合成化合物或天然产物靶点的确定提供参考,辅助科学研究。【美国专利号 us 9,811,642 b2;中国专利号 cn 102799779b】
该系统有如下功能:
1)靶点预测:为新合成的化合物或天然产物快速寻找潜在的作用靶点。
2)老药新用:药物重定位,使现有的临床药物在疾病的治疗中焕发出新的活力。
3)中药网络药理学分析:阐明中药活性分子及其作用机制,构建成分-靶点-疾病网络图。
4)分子机制研究:阐释具有表型活性的小分子化合物发挥活性潜在的作用靶点。
药物靶点预测系统案例分析2
该系统使用方便,无需安装,直接浏览器登录使用即可。试用网址 http://demo.dtps.iprexmed.com/#/index
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