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13698610879

新虫 (初入文坛)

[交流] 16srrna编码基因测序,一定要先克隆吗?

请问做16srrna编码基因鉴定时,一定要先克隆吗?我的菌是芽孢杆菌属,我直接用基因组测序,测序结果到ncbi比对,相似度全是100%,系统发育期怎么做啊!求大神解答

16srrna编码基因测序,一定要先克隆吗?


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13698610879

新虫 (初入文坛)

2楼2018-08-28 09:46:47
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yan104zhou

铜虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
小冀-: 金币+3, 鼓励回帖,有帮助 2019-01-05 18:51:28
1测序可以直接用菌液,也可以做出克隆,后者成功率更高2比对的时候可以限定种属,不然默认的话肯定比出来都是同一种属的相似度很高3芽孢杆菌类群亚种很多,只用16s很难准确区分,建议使用其它分子标记例如gyrB。

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3楼2018-11-20 13:42:11
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Wilen

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
1楼: Originally posted by 13698610879 at 2018-08-27 19:58:31
请问做16srrna编码基因鉴定时,一定要先克隆吗?我的菌是芽孢杆菌属,我直接用基因组测序,测序结果到ncbi比对,相似度全是100%,系统发育期怎么做啊!求大神解答

...

16srRNA一般不用NBCI比对的,用EzBioCloud比对,小于98.5%左右,则为疑似新种,再进行克隆测序。

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4楼2019-01-05 15:48:18
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linglan2612

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
请问这种情况下,在克隆哪些基因以进一步确定呢?
任务分解,做好计划,减少情绪对抗
5楼2019-09-20 16:19:45
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路亚路亚

铁虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by 13698610879 at 2018-08-28 09:46:47
有用API试剂条的同学吗

我做,有什么问题吗?
6楼2019-09-24 10:54:03
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