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邹卓民新虫 (小有名气)
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lammps采用Green-Kubo计算沥青分子的粘度已有1人参与
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lammps采用Green-Kubo计算沥青分子的粘度 出现以下问题：ERROR on proc 0: Bond atoms 3078 3115 missing on proc 0 at step 4275849 (../ntopo_bond_all.cpp:63) #采用Green-Kubo方法计算沥青分子粘度 #采用real单位系统（记住：长度：A；时间：fs） #定义几个参数 variable T equal 533.15 #温度为533.15K variable DT equal 10 #积分步长为10fs variable V equal vol #convert from LAMMPS real units to SI variable kB equal 1.3806504e-23 #J/K Boltzman variable atm2Pa equal 101325.0 variable A2m equal 1.0e-10 variable fs2s equal 1.0e-15 variable convert equal ${atm2Pa}*${atm2Pa}*${fs2s}*${A2m}*${A2m}*${A2m} #初始化 dimension 3 units real boundary p p p atom_style full bond_style harmonic angle_style harmonic dihedral_style harmonic improper_style cvff pair_style lj/cut/coul/long 10.0 kspace_style ewald 1.0e-4 neighbor 2.0 bin read_data data.vigrin region box block -50 100 -50 100 -50 100 velocity all create ${T} 12345 mom yes rot yes dist gaussian #在NVT系综下平衡体系 fix NVT all nvt temp ${T} ${T} 10 #Nose-Hoover热浴 timestep 0.001 thermo 1000 run 100000 #在产出阶段将用NVE系综 unfix NVT fix NVE all nve #在产出阶段计算自关联函数 variable Ns equal 100 #取样间隔 variable Nc equal 100000 #关联数据量 variable Np equal ${Ns}*${Nc} #产出步数 variable pxy equal pxy variable pxz equal pxz variable pyz equal pyz fix SS all ave/correlate ${Ns} ${Nc} ${Np} & v_pxy v_pxz v_pyz type auto file SS.txt ave running variable M equal 1 #粘度自关联函数的个数 variable N equal ${M}*${Np} #跑产出阶段 run ${N} variable scale equal ${convert}/(${kB}*$T)*$V*${Ns}*${DT} variable v11 equal trap(f_SS[3])*${scale} variable v22 equal trap(f_SS[4])*${scale} variable v33 equal trap(f_SS[5])*${scale} thermo_style custom step temp press v_pxy v_pxz v_pyz v_v11 v_v22 v_v33 variable v equal (v_v11+v_v22+v_v33)/3.0 variable ndens equal count(all)/vol print "average viscosity: $v [Pa.s] @ $T K, ${ndens} /A^3" |
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2楼2018-06-12 23:39:08
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你的步长已经很小了，如果还有原子丢失：1.thermo modify lost ignore试试，如果愿意ignore的话。2.增大cut-off。3.我也做沥青，建议换换力场pcff试试，cvff之前试过，不怎么成功 发自小木虫Android客户端 |
3楼2018-06-13 06:35:52
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5楼2018-06-14 07:49:31
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7楼2018-06-14 21:02:28
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