| 查看: 3864 | 回复: 8 | ||
| 【悬赏金币】回答本帖问题，作者邹卓民将赠送您 5 个金币 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
邹卓民新虫 (小有名气)
|
[求助]
lammps采用Green-Kubo计算沥青分子的粘度已有1人参与
|
|
|
lammps采用Green-Kubo计算沥青分子的粘度 出现以下问题：ERROR on proc 0: Bond atoms 3078 3115 missing on proc 0 at step 4275849 (../ntopo_bond_all.cpp:63) #采用Green-Kubo方法计算沥青分子粘度 #采用real单位系统（记住：长度：A；时间：fs） #定义几个参数 variable T equal 533.15 #温度为533.15K variable DT equal 10 #积分步长为10fs variable V equal vol #convert from LAMMPS real units to SI variable kB equal 1.3806504e-23 #J/K Boltzman variable atm2Pa equal 101325.0 variable A2m equal 1.0e-10 variable fs2s equal 1.0e-15 variable convert equal ${atm2Pa}*${atm2Pa}*${fs2s}*${A2m}*${A2m}*${A2m} #初始化 dimension 3 units real boundary p p p atom_style full bond_style harmonic angle_style harmonic dihedral_style harmonic improper_style cvff pair_style lj/cut/coul/long 10.0 kspace_style ewald 1.0e-4 neighbor 2.0 bin read_data data.vigrin region box block -50 100 -50 100 -50 100 velocity all create ${T} 12345 mom yes rot yes dist gaussian #在NVT系综下平衡体系 fix NVT all nvt temp ${T} ${T} 10 #Nose-Hoover热浴 timestep 0.001 thermo 1000 run 100000 #在产出阶段将用NVE系综 unfix NVT fix NVE all nve #在产出阶段计算自关联函数 variable Ns equal 100 #取样间隔 variable Nc equal 100000 #关联数据量 variable Np equal ${Ns}*${Nc} #产出步数 variable pxy equal pxy variable pxz equal pxz variable pyz equal pyz fix SS all ave/correlate ${Ns} ${Nc} ${Np} & v_pxy v_pxz v_pyz type auto file SS.txt ave running variable M equal 1 #粘度自关联函数的个数 variable N equal ${M}*${Np} #跑产出阶段 run ${N} variable scale equal ${convert}/(${kB}*$T)*$V*${Ns}*${DT} variable v11 equal trap(f_SS[3])*${scale} variable v22 equal trap(f_SS[4])*${scale} variable v33 equal trap(f_SS[5])*${scale} thermo_style custom step temp press v_pxy v_pxz v_pyz v_v11 v_v22 v_v33 variable v equal (v_v11+v_v22+v_v33)/3.0 variable ndens equal count(all)/vol print "average viscosity: $v [Pa.s] @ $T K, ${ndens} /A^3" |
回复此楼» 猜你喜欢
两类问题算是白选了~
已经有10人回复
-
CSC的访问学者申请，没有个评审意见，也不知道怎么改，还有必要申请吗
已经有4人回复
-
普通院校药学硕士，做合成的，感觉找不到工作
已经有9人回复
-
研二光催化6月底四篇二区什么水平
已经有10人回复
-
聊天
已经有10人回复
-
取博导收留
已经有7人回复
-
24年 申博 化学/材料 一作6篇sci
已经有11人回复
-
真的好想读博！
已经有13人回复
-
求博导
已经有5人回复
-
Nature一直在编辑手里，考虑好几天了，是悬了吗
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
无远不界
铁虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 2651.6
- 红花: 6
- 帖子: 481
- 在线: 347.5小时
- 虫号: 2102396
- 注册: 2012-11-02
- 性别: GG
- 专业: 交通工程
9楼2018-06-16 09:47:23
chenkunkun
铜虫 (小有名气)
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 269.6
- 帖子: 145
- 在线: 285.8小时
- 虫号: 2370184
- 注册: 2013-03-23
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
2楼2018-06-12 23:39:08
无远不界
铁虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 2651.6
- 红花: 6
- 帖子: 481
- 在线: 347.5小时
- 虫号: 2102396
- 注册: 2012-11-02
- 性别: GG
- 专业: 交通工程
|
你的步长已经很小了，如果还有原子丢失：1.thermo modify lost ignore试试，如果愿意ignore的话。2.增大cut-off。3.我也做沥青，建议换换力场pcff试试，cvff之前试过，不怎么成功 发自小木虫Android客户端 |
3楼2018-06-13 06:35:52
jluchemlib
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 119 (高中生)
- 金币: 11192.9
- 散金: 200
- 红花: 19
- 帖子: 521
- 在线: 354.3小时
- 虫号: 589656
- 注册: 2008-08-30
- 性别: GG
- 专业: 高分子物理与高分子物理化
4楼2018-06-13 09:35:02
5
