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求氮化硼热导率in文件出错已有2人参与
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因为是新人金币不多，希望好心人帮我看看lammps的in文件哪里出错了。我想求氮化硼的热导率，但是运行结果是这样的： ERROR on proc 0: Non-numeric atom coords - simulation unstable (../domain.cpp:510) 以下是我的in文件： units real dimension 3 boundary p p p atom_style full #read topology read_data bnsystem.data #Force-field parameters #B=1,N=1 pair_style lj/cut 2.5 bond_style harmonic angle_style harmonic dihedral_style charmm special_bonds lj/coul 0.0 0.0 0.0 pair_coeff * * 1.0 1.0 2.5 bond_coeff * 80.0 1.2 angle_coeff * 300.0 107.0 dihedral_coeff * 3.100 2 180 0.0 #NEMD calculate conductivity region box block -5 100 -1 100 -1 31.15 units box region begin block INF INF INF INF -1 7 units box region hot block INF INF INF INF 7 14 units box region mid block INF INF INF INF 14 21 units box region cold block INF INF INF INF 21 27 units box region end block INF INF INF INF 27 34 units box region boundary union 2 begin end units box group begin region begin group hot region hot group mid region mid group cold region cold group end region end group boundary region boundary group new subtract all boundary velocity new create 300 7986875 mom yes rot yes dist gaussian units box velocity boundary set 0.0 0.0 0.0 units box compute Thot hot temp compute Tcold cold temp compute Tmid mid temp #1st equilibration run fix 1 boundary setforce 0.0 0.0 0.0 fix 2 new nvt temp 300 300 0.025 thermo 20000 run 2000 velocity new scale 300 unfix 2 #2nd equilibration run fix 2 new nve fix hot all heat 1 50 region hot fix cold all heat 1 -50 region cold thermo_style custom step temp c_Thot c_Tcold c_Tmid thermo 20000 run 20000 #thermal conductivity calculation compute ke all ke/atom variable temp atom c_ke*1.6e+4/(1.5*1.38) fix 3 new ave/spatial 1 10000 10000 x (0,0,0) 2 v_temp file temp.profile thermo_style custom step temp c_Thot c_Tcold c_Tmid neighbor 1.0 bin neigh_modify every 1 delay 5 check yes timestep 0.001 dump 1 all atom 10 bn.lammpstrj run 500000 真的非常感谢！ |
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