应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 请教MS8.0 CASTEP计算石墨烯的缺陷形成能
91/1返回列表
查看: 2091  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

duanludy

木虫 (正式写手)

skyly

[求助] 请教MS8.0 CASTEP计算石墨烯的缺陷形成能 已有1人参与

我想用MS 8.0中的CASTEP计算石墨烯缺陷形成能，但是分别计算不带缺陷的石墨烯和去掉一个C原子的石墨烯获得的Fianl energy, E能量差别巨大，不带缺陷的石墨烯计算的能量是-310.9024018505eV, 而去掉一个C原子的石墨烯计算的能量是-19733.4112536eV，那位大侠能告诉我这结果正确吗？
具体的计算如下：supercell的原子数量是136，采用LDA_CA-PZ,   Energy cutoff: 280 eV。
附件是相关的计算结果：Graphene-2016-2-23 (0 0 1)-defect文件为去掉一个C原子的计算结果，Graphene-2016-2-23 (0 0 1)是不带缺陷的
请大侠帮忙分析一下结果是否正确，如果不正确，应该如何设置相关的参数？
衷心感谢！
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : Graphene-2016-2-23_(0_0_1)-defect.txt
    • 2016-02-24 10:56:31, 102.14 K
  • 附件 2 : Graphene-2016-2-23_(0_0_1).txt
    • 2016-02-24 10:56:34, 18.52 K

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
I'mworkinghard
1楼 2016-02-24 10:59:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

duanludy

木虫 (正式写手)

skyly
没有大侠吗？
回复此楼
I'mworkinghard
2楼2016-02-24 16:45:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

冲天飞龙

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2016-02-25 08:01:51
粗略看了下，你的001 defect里有127个原子，001文件是2个原子，原子个数差这么多能量差别当然大。
另外，你做的的single point energy计算，你的结构有没有做过geometry optimization啊？
还有就是不要用LDA，已经过时了，至少要用PBE
赞一下 回复此楼
3楼2016-02-24 18:32:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

duanludy

木虫 (正式写手)

skyly
引用回帖:
3楼: Originally posted by 冲天飞龙 at 2016-02-24 18:32:34
粗略看了下，你的001 defect里有127个原子，001文件是2个原子，原子个数差这么多能量差别当然大。
另外，你做的的single point energy计算，你的结构有没有做过geometry optimization啊？
还有就是不要用LDA，已经 ...

谢谢！有可能真是原子数不同导致的结果差异。
但是我计算时是先计算完美的晶胞的，然后在完美晶胞上去掉一个C原子再计算的，按理说两种晶胞的原子数应该只差一个，为什么完美晶胞的计算结果只有两人个原子而带缺陷的有127个原子？请问要如何设置最后计算结果的原子数才相当？谢谢！
赞一下 回复此楼
I'mworkinghard
4楼2016-02-25 09:11:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

冲天飞龙

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
duanludy: 金币+100, ★★★很有帮助 2016-02-29 09:30:49
引用回帖:
4楼: Originally posted by duanludy at 2016-02-25 09:11:34
谢谢！有可能真是原子数不同导致的结果差异。
但是我计算时是先计算完美的晶胞的，然后在完美晶胞上去掉一个C原子再计算的，按理说两种晶胞的原子数应该只差一个，为什么完美晶胞的计算结果只有两人个原子而带缺陷 ...

我估计是这样的，你做的时候确实是建立的大晶胞128原子的体系来计算的，但是你run的时候有一个窗口问你说convert to primitive cell will greatly improve efficiency，你点了yes，这时候系统就会转为2个原子的primitive cell。
你要么就在问你是否convert时候选no，这样就是用大cell算。要么就用小cell算然后把能量乘以128/2也就是64，这样也可以。

另外你一定要用geometry optimization啊，不要用Energy task，这种缺陷计算肯定要优化结构的
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2016-02-26 22:38:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
4楼: Originally posted by duanludy at 2016-02-25 09:11:34
谢谢！有可能真是原子数不同导致的结果差异。
但是我计算时是先计算完美的晶胞的，然后在完美晶胞上去掉一个C原子再计算的，按理说两种晶胞的原子数应该只差一个，为什么完美晶胞的计算结果只有两人个原子而带缺陷 ...

不打紧，既然原子数不同的话把使用对称性约化后的体系能量*64即可，不过最好还是不要用如此小的单胞防止出现能带折叠等问题。LDA/CA-PZ计算键能不是好想法，键能必然高估，计算的截断能280eV也太低了。
赞一下(1人) 回复此楼
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
6楼2016-02-28 16:05:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

duanludy

木虫 (正式写手)

skyly
引用回帖:
6楼: Originally posted by 卡开发发 at 2016-02-28 16:05:18
不打紧，既然原子数不同的话把使用对称性约化后的体系能量*64即可，不过最好还是不要用如此小的单胞防止出现能带折叠等问题。LDA/CA-PZ计算键能不是好想法，键能必然高估，计算的截断能280eV也太低了。...

谢谢！
回复此楼
I'mworkinghard
7楼2016-02-29 09:31:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

青大柯尔斯滕

新虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 卡开发发 at 2016-02-28 16:05:18
不打紧，既然原子数不同的话把使用对称性约化后的体系能量*64即可，不过最好还是不要用如此小的单胞防止出现能带折叠等问题。LDA/CA-PZ计算键能不是好想法，键能必然高估，计算的截断能280eV也太低了。...

你好，我想请问一下，分子动力学跑完了分析径向分布函数的时候，Cutoff如何选取？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
8楼2016-04-25 23:39:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

twb2008

铁杆木虫 (职业作家)

初学者
先几何优化一下吧，最好选择GGA/PBE

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
Copoly（work-life）
9楼2016-05-12 21:00:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 duanludy 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +3 bud_bud 2026-08-27 6/300 2026-08-28 11:53 by bud_bud
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+5) +12 晴天加油 2026-08-26 13/650 2026-08-28 11:32 by skyjudy
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +10 Kittylucky 2026-08-27 11/550 2026-08-28 10:45 by Kittylucky
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 基金不中，共勉 +10 eulota 2026-08-26 10/500 2026-08-27 17:23 by lqllinqiaoli
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 某些机构，以效率低为荣，以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭