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duanludy

木虫 (正式写手)

skyly

[求助] 请教MS8.0 CASTEP计算石墨烯的缺陷形成能 已有1人参与

我想用MS 8.0中的CASTEP计算石墨烯缺陷形成能,但是分别计算不带缺陷的石墨烯和去掉一个C原子的石墨烯获得的Fianl energy, E能量差别巨大,不带缺陷的石墨烯计算的能量是-310.9024018505eV, 而去掉一个C原子的石墨烯计算的能量是-19733.4112536eV,那位大侠能告诉我这结果正确吗?
具体的计算如下:supercell的原子数量是136,采用LDA_CA-PZ,   Energy cutoff: 280 eV。
附件是相关的计算结果:Graphene-2016-2-23 (0 0 1)-defect文件为去掉一个C原子的计算结果,Graphene-2016-2-23 (0 0 1)是不带缺陷的
请大侠帮忙分析一下结果是否正确,如果不正确,应该如何设置相关的参数?
衷心感谢!
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  • 附件 1 : Graphene-2016-2-23_(0_0_1)-defect.txt
  • 2016-02-24 10:56:31, 102.14 K
  • 附件 2 : Graphene-2016-2-23_(0_0_1).txt
  • 2016-02-24 10:56:34, 18.52 K

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I'mworkinghard
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duanludy

木虫 (正式写手)

skyly

没有大侠吗?
I'mworkinghard
2楼2016-02-24 16:45:05
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冲天飞龙

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2016-02-25 08:01:51
粗略看了下,你的001 defect里有127个原子,001文件是2个原子,原子个数差这么多能量差别当然大。
另外,你做的的single point energy计算,你的结构有没有做过geometry optimization啊?
还有就是不要用LDA,已经过时了,至少要用PBE
3楼2016-02-24 18:32:34
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duanludy

木虫 (正式写手)

skyly

引用回帖:
3楼: Originally posted by 冲天飞龙 at 2016-02-24 18:32:34
粗略看了下,你的001 defect里有127个原子,001文件是2个原子,原子个数差这么多能量差别当然大。
另外,你做的的single point energy计算,你的结构有没有做过geometry optimization啊?
还有就是不要用LDA,已经 ...

谢谢!有可能真是原子数不同导致的结果差异。
但是我计算时是先计算完美的晶胞的,然后在完美晶胞上去掉一个C原子再计算的,按理说两种晶胞的原子数应该只差一个,为什么完美晶胞的计算结果只有两人个原子而带缺陷的有127个原子?请问要如何设置最后计算结果的原子数才相当?谢谢!
I'mworkinghard
4楼2016-02-25 09:11:34
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冲天飞龙

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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duanludy: 金币+100, ★★★很有帮助 2016-02-29 09:30:49
引用回帖:
4楼: Originally posted by duanludy at 2016-02-25 09:11:34
谢谢!有可能真是原子数不同导致的结果差异。
但是我计算时是先计算完美的晶胞的,然后在完美晶胞上去掉一个C原子再计算的,按理说两种晶胞的原子数应该只差一个,为什么完美晶胞的计算结果只有两人个原子而带缺陷 ...

我估计是这样的,你做的时候确实是建立的大晶胞128原子的体系来计算的,但是你run的时候有一个窗口问你说convert to primitive cell will greatly improve efficiency,你点了yes,这时候系统就会转为2个原子的primitive cell。
你要么就在问你是否convert时候选no,这样就是用大cell算。要么就用小cell算然后把能量乘以128/2也就是64,这样也可以。

另外你一定要用geometry optimization啊,不要用Energy task,这种缺陷计算肯定要优化结构的
5楼2016-02-26 22:38:35
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

引用回帖:
4楼: Originally posted by duanludy at 2016-02-25 09:11:34
谢谢!有可能真是原子数不同导致的结果差异。
但是我计算时是先计算完美的晶胞的,然后在完美晶胞上去掉一个C原子再计算的,按理说两种晶胞的原子数应该只差一个,为什么完美晶胞的计算结果只有两人个原子而带缺陷 ...

不打紧,既然原子数不同的话把使用对称性约化后的体系能量*64即可,不过最好还是不要用如此小的单胞防止出现能带折叠等问题。LDA/CA-PZ计算键能不是好想法,键能必然高估,计算的截断能280eV也太低了。
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
6楼2016-02-28 16:05:18
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duanludy

木虫 (正式写手)

skyly

引用回帖:
6楼: Originally posted by 卡开发发 at 2016-02-28 16:05:18
不打紧,既然原子数不同的话把使用对称性约化后的体系能量*64即可,不过最好还是不要用如此小的单胞防止出现能带折叠等问题。LDA/CA-PZ计算键能不是好想法,键能必然高估,计算的截断能280eV也太低了。...

谢谢!
I'mworkinghard
7楼2016-02-29 09:31:37
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青大柯尔斯滕

新虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 卡开发发 at 2016-02-28 16:05:18
不打紧,既然原子数不同的话把使用对称性约化后的体系能量*64即可,不过最好还是不要用如此小的单胞防止出现能带折叠等问题。LDA/CA-PZ计算键能不是好想法,键能必然高估,计算的截断能280eV也太低了。...

你好,我想请问一下,分子动力学跑完了分析径向分布函数的时候,Cutoff如何选取?

发自小木虫Android客户端
8楼2016-04-25 23:39:02
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twb2008

铁杆木虫 (职业作家)

初学者

先几何优化一下吧,最好选择GGA/PBE

发自小木虫Android客户端
Copoly(work-life)
9楼2016-05-12 21:00:10
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