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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 请教MS8.0 CASTEP计算石墨烯的缺陷形成能
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duanludy

木虫 (正式写手)

skyly

[求助] 请教MS8.0 CASTEP计算石墨烯的缺陷形成能 已有1人参与

我想用MS 8.0中的CASTEP计算石墨烯缺陷形成能，但是分别计算不带缺陷的石墨烯和去掉一个C原子的石墨烯获得的Fianl energy, E能量差别巨大，不带缺陷的石墨烯计算的能量是-310.9024018505eV, 而去掉一个C原子的石墨烯计算的能量是-19733.4112536eV，那位大侠能告诉我这结果正确吗？
具体的计算如下：supercell的原子数量是136，采用LDA_CA-PZ,   Energy cutoff: 280 eV。
附件是相关的计算结果：Graphene-2016-2-23 (0 0 1)-defect文件为去掉一个C原子的计算结果，Graphene-2016-2-23 (0 0 1)是不带缺陷的
请大侠帮忙分析一下结果是否正确，如果不正确，应该如何设置相关的参数？
衷心感谢！
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  • 附件 1 : Graphene-2016-2-23_(0_0_1)-defect.txt
    • 2016-02-24 10:56:31, 102.14 K
  • 附件 2 : Graphene-2016-2-23_(0_0_1).txt
    • 2016-02-24 10:56:34, 18.52 K

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I'mworkinghard
1楼 2016-02-24 10:59:25
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duanludy

木虫 (正式写手)

skyly
没有大侠吗？
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I'mworkinghard
2楼2016-02-24 16:45:05
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冲天飞龙

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2016-02-25 08:01:51
粗略看了下，你的001 defect里有127个原子，001文件是2个原子，原子个数差这么多能量差别当然大。
另外，你做的的single point energy计算，你的结构有没有做过geometry optimization啊？
还有就是不要用LDA，已经过时了，至少要用PBE
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3楼2016-02-24 18:32:34
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duanludy

木虫 (正式写手)

skyly
引用回帖:
3楼: Originally posted by 冲天飞龙 at 2016-02-24 18:32:34
粗略看了下，你的001 defect里有127个原子，001文件是2个原子，原子个数差这么多能量差别当然大。
另外，你做的的single point energy计算，你的结构有没有做过geometry optimization啊？
还有就是不要用LDA，已经 ...

谢谢！有可能真是原子数不同导致的结果差异。
但是我计算时是先计算完美的晶胞的，然后在完美晶胞上去掉一个C原子再计算的，按理说两种晶胞的原子数应该只差一个，为什么完美晶胞的计算结果只有两人个原子而带缺陷的有127个原子？请问要如何设置最后计算结果的原子数才相当？谢谢！
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I'mworkinghard
4楼2016-02-25 09:11:34
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冲天飞龙

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
duanludy: 金币+100, ★★★很有帮助 2016-02-29 09:30:49
引用回帖:
4楼: Originally posted by duanludy at 2016-02-25 09:11:34
谢谢！有可能真是原子数不同导致的结果差异。
但是我计算时是先计算完美的晶胞的，然后在完美晶胞上去掉一个C原子再计算的，按理说两种晶胞的原子数应该只差一个，为什么完美晶胞的计算结果只有两人个原子而带缺陷 ...

我估计是这样的，你做的时候确实是建立的大晶胞128原子的体系来计算的，但是你run的时候有一个窗口问你说convert to primitive cell will greatly improve efficiency，你点了yes，这时候系统就会转为2个原子的primitive cell。
你要么就在问你是否convert时候选no，这样就是用大cell算。要么就用小cell算然后把能量乘以128/2也就是64，这样也可以。

另外你一定要用geometry optimization啊，不要用Energy task，这种缺陷计算肯定要优化结构的
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5楼2016-02-26 22:38:35
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
4楼: Originally posted by duanludy at 2016-02-25 09:11:34
谢谢！有可能真是原子数不同导致的结果差异。
但是我计算时是先计算完美的晶胞的，然后在完美晶胞上去掉一个C原子再计算的，按理说两种晶胞的原子数应该只差一个，为什么完美晶胞的计算结果只有两人个原子而带缺陷 ...

不打紧，既然原子数不同的话把使用对称性约化后的体系能量*64即可，不过最好还是不要用如此小的单胞防止出现能带折叠等问题。LDA/CA-PZ计算键能不是好想法，键能必然高估，计算的截断能280eV也太低了。
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
6楼2016-02-28 16:05:18
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duanludy

木虫 (正式写手)

skyly
引用回帖:
6楼: Originally posted by 卡开发发 at 2016-02-28 16:05:18
不打紧，既然原子数不同的话把使用对称性约化后的体系能量*64即可，不过最好还是不要用如此小的单胞防止出现能带折叠等问题。LDA/CA-PZ计算键能不是好想法，键能必然高估，计算的截断能280eV也太低了。...

谢谢！
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I'mworkinghard
7楼2016-02-29 09:31:37
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青大柯尔斯滕

新虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 卡开发发 at 2016-02-28 16:05:18
不打紧，既然原子数不同的话把使用对称性约化后的体系能量*64即可，不过最好还是不要用如此小的单胞防止出现能带折叠等问题。LDA/CA-PZ计算键能不是好想法，键能必然高估，计算的截断能280eV也太低了。...

你好，我想请问一下，分子动力学跑完了分析径向分布函数的时候，Cutoff如何选取？

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8楼2016-04-25 23:39:02
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twb2008

铁杆木虫 (职业作家)

初学者
先几何优化一下吧，最好选择GGA/PBE

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Copoly（work-life）
9楼2016-05-12 21:00:10
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