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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 关于菌种ITS鉴定及进化树构建的问题。
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dafenger

禁虫 (小有名气)
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1楼 2016-02-23 11:04:09
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star013

新虫 (知名作家)
您是哪里的？我们公司专做微生物多样性分析

发自小木虫Android客户端
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2楼2016-02-24 08:28:46
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starseeker

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
首先，Query cover并不是相似度，勉强翻译的话是序列的覆盖度，相似度是后面的ident
其次，ITS虽然在真菌中使用广泛，但是其变异度在不同种属间也各有差异。哪怕相似度100%也不能完全说明其就是一个种。最权威的鉴定方法还是送到国内的CGMCC，国外的ATCC等机构做菌种鉴定
如果你想通过构树来鉴定菌种或进行系统分析，那就需要从NCBI或者其他数据库下载大量相关序列，和你自己的序列比对后进行构树（NJ或者ML等），一个粗略的判断方法就是看你的菌种和树中哪些种聚类在一个进化枝中。
外类群的选择没有很严格的标准，一般选择一个和你研究对象关系相对比较密切的种即可。
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2016-02-24 15:25:01
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