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友风

铁虫 (小有名气)

[交流] [求助]有关分子筛的优化

高手指点一下:想做一个HZSM分子筛的优化,是一个20元环,固定环时出错了。好像有些变量动了,忘指点一下。谢谢..
#!/bin/csh                                               
set job=$0:r                                             
echo `date` >> $USER.history.node                        
echo "the job $0 is running on" >> $USER.history.node   
echo "\t$HOSTNAME" >> $USER.history.node                 
if ( $#argv >= 1) then                                   
      cp $1 /tmp/$USER/$job.chk                          
endif                                                   
g03 << eof > /tmp/$USER/$job.out                        
%chk=/tmp/$USER/$job.chk                                 
%nproclinda=1                                            
%nprocs=4                                                
%mem=1800mb                                             
                                                         
#B3LYP/6-31G(d) opt=(calcfc,modredundant) freq test                              
                                                         
siring partial optimization                     

0 1
O
O                  1              B1
O                  1              B2    2              A1
O                  3              B3    1              A2    2              D1
O                  3              B4    1              A3    2              D2
O                  5              B5    3              A4    1              D3
O                  1              B6    2              A5    6              D4
O                  3              B7    1              A6    7              D5
O                  3              B8    1              A7    7              D6
O                  6              B9    5              A8    3              D7
Si                 5             B10    3              A9    1              D8
Si                 6             B11    5             A10    3              D9
Si                 2             B12    1             A11    7             D10
Si                 2             B13    1             A12    7             D11
Si                 7             B14    1             A13   14             D12
Si                 4             B15    3             A14    1             D13
Si                 4             B16    3             A15    1             D14
Si                 8             B17    3             A16    1             D15
Si                 9             B18    3             A17    1             D16
Si                 5             B19    3             A18    1             D17
O                 14             B20    2             A19    1             D18
H                 21             B21   14             A20    2             D19
O                 14             B22    2             A21    1             D20
H                 23             B23   14             A22    2             D21
O                 13             B24    2             A23    1             D22
H                 25             B25   13             A24    2             D23
O                 13             B26    2             A25    1             D24
H                 27             B27   13             A26    2             D25
O                 12             B28    6             A27    5             D26
H                 29             B29   12             A28    6             D27
O                 12             B30    6             A29    5             D28
H                 31             B31   12             A30    6             D29
O                 11             B32    5             A31    3             D30
H                 33             B33   11             A32    5             D31
O                 11             B34    5             A33    3             D32
H                 35             B35   11             A34    5             D33
O                 20             B36    5             A35    3             D34
H                 37             B37   20             A36    5             D35
O                 19             B38    9             A37    3             D36
H                 39             B39   19             A38    9             D37
O                 19             B40    9             A39    3             D38
H                 41             B41   19             A40    9             D39
O                 18             B42    8             A41    3             D40
H                 43             B43   18             A42    8             D41
O                 18             B44    8             A43    3             D42
H                 45             B45   18             A44    8             D43
O                 17             B46    4             A45    3             D44
H                 47             B47   17             A46    4             D45
O                 17             B48    4             A47    3             D46
H                 49             B49   17             A48    4             D47
O                 16             B50    4             A49    3             D48
H                 51             B51   16             A50    4             D49
O                 16             B52    4             A51    3             D50
H                 53             B53   16             A52    4             D51
O                 15             B54    7             A53    1             D52
H                 55             B55   15             A54    7             D53
O                 15             B56    7             A55    1             D54
H                 57             B57   15             A56    7             D55
O                 20             B58    5             A57    3             D56
H                 59             B59   20             A58    5             D57

   B1             2.56265449
   B2             7.56343402
   B3             4.71567362
   B4             4.71567362
   B5             2.56071860
   B6             2.55866280
   B7             2.57103897
   B8             2.57103897
   B9             2.55866280
   B10            1.58618704
   B11            1.58680184
   B12            1.59477416
   B13            1.59477416
   B14            1.58680184
   B15            1.58618704
   B16            1.58242756
   B17            1.58846735
   B18            1.58846735
   B19            1.58242760
   B20            1.83000000
   B21            0.96000000
   B22            1.83000000
   B23            0.96000000
   B24            1.83000000
   B25            0.96000000
   B26            1.83000000
   B27            0.96000000
   B28            1.83000000
   B29            0.96000000
   B30            1.83000000
   B31            0.96000000
   B32            1.83000000
   B33            0.96000000
   B34            1.83000000
   B35            0.96000000
   B36            1.83000000
   B37            0.96000000
   B38            1.83000000
   B39            0.96000000
   B40            1.83000000
   B41            0.96000000
   B42            1.83000000
   B43            0.96000000
   B44            1.83000000
   B45            0.96000000
   B46            1.83000000
   B47            0.96000000
   B48            1.83000000
   B49            0.96000000
   B50            1.83000000
   B51            0.96000000
   B52            1.83000000
   B53            0.96000000
   B54            1.83000000
   B55            0.96000000
   B56            1.83000000
   B57            0.96000000
   B58            1.83000000
   B59            0.96000000
   A1            90.15011430
   A2            37.75934271
   A3            74.76218278
   A4           118.91212292
   A5           142.87633226
   A6            60.43008186
   A7            96.26776117
   A8           139.36057751
   A9           126.13323172
   A10          171.54201307
   A11          176.27307926
   A12           36.96351619
   A13           36.42886388
   A14          126.13323172
   A15           59.24109102
   A16           36.59687777
   A17           36.59687777
   A18           59.24105690
   A19          170.76445502
   A20          109.50000006
   A21           72.57050643
   A22          109.50000006
   A23           90.48105827
   A24          109.50000006
   A25          132.77407298
   A26          109.50000006
   A27          106.62566776
   A28          109.50000006
   A29          113.39118906
   A30          109.50000006
   A31          153.42367992
   A32          109.50000006
   A33           77.72104282
   A34          109.50000006
   A35          143.27404003
   A36          109.50000006
   A37          121.26481610
   A38          109.50000006
   A39           99.17053220
   A40          109.50000006
   A41          119.18433340
   A42          109.50000006
   A43          100.99640407
   A44          109.50000006
   A45          108.33886028
   A46          109.50000006
   A47          110.32170709
   A48          109.50000006
   A49           81.19395599
   A50          109.50000006
   A51          146.59058750
   A52          109.50000006
   A53          108.04478646
   A54          109.50000006
   A55          111.92320478
   A56          109.50000006
   A57           81.97657234
   A58          109.50000006
   D1           167.12629468
   D2            -4.33811358
   D3           -19.56202002
   D4             9.32432844
   D5           -29.26542538
   D6          -178.25855388
   D7            51.26262395
   D8           -62.66459753
   D9           106.93281521
   D10           40.17842382
   D11         -167.85719278
   D12          127.27643750
   D13           59.40226477
   D14         -152.31296602
   D15          125.85877218
   D16         -135.81907871
   D17          149.05061924
   D18          -85.40584492
   D19          -93.14550436
   D20          170.34722205
   D21          172.64509544
   D22         -162.88668698
   D23         -164.75828701
   D24           79.60395542
   D25          106.57797153
   D26           56.96529755
   D27          105.95170298
   D28          177.50851087
   D29          -98.35612709
   D30           -6.55781382
   D31          -98.53958820
   D32         -115.67000466
   D33         -164.60319720
   D34          106.02600566
   D35          106.52195082
   D36          113.19578905
   D37          129.12181454
   D38         -127.26406609
   D39         -177.80579485
   D40         -114.31270240
   D41         -106.52333814
   D42          125.85444110
   D43          111.14406218
   D44         -122.79544909
   D45         -113.44236606
   D46          117.38735728
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   D57         -159.60893989

2 F
B 2 14 F
B 13 2 F
B 13 10 F
B 10 12 F
B 12 6 F
B 1 14 F
B 6 11 F
B 11 5 F
B 5 20 F
B 20 9 F
B 9 19 F
B 19 3 F
B 3 18 F
B 18 8 F
B 8 17 F
B 17 4 F
B 4 16 F
B 16 7 F
B 7 15 F
B 15 1 F
A 1 14 2 F
A 2 13 10 F
A 10 12 6 F
A 6 11 5 F
A 5 20 9 F
A 9 19 3 F
A 3 18 8 F
A 8 17 4 F
A 4 16 7 F
A 7 15 1 F
D 1 14 2 13 F
D 10 12 6 11 F
D 11 5 20 9 F
D 9 19 3 18 F
D 18 8 17 4 F
D 4 16 7 15 F
D 15 1 14 2 F

eof                                       
mv /tmp/$USER/$job.* .                     
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cysqxr

木虫 (小有名气)

我试过用mod固定过几个键 这样的效果特别好 但是对于分子筛这种体系 我建议使用一下另一种固定方法  就是在使用笛卡尔坐标时 前面的0改成-1 这种效果跟你用mod是一样的  你也可以查一下高斯手册上面有记载  还有 如果真的用mod 好像键长应该也要写上吧    就知这么多了
2楼2008-10-08 15:26:09
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