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[求助]用MPICH并行安装gromacs出问题
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今天用MPICH并行安装gromacs,单机单核计算直接用mdrun_mpi_d命令没有问题,可是把一台计算机上的两个核并起来用时,在输入mpirun -np 2 -machinefile namehosts mdrun_mpi_d ......命令时报错,说没有mdrun_mpi_d这个执行命令,可是用mpirun -np 2 -machinefile namehosts /home/gauss/gromacs/bin/mdrun_mpi_d ......命令将mdrun_mpi_d的位置指出来时,就可以正常运算,但当我想把两台机子并行起来用四个核运算时(用命令mpirun -np 4 -machinefile namehosts /home/gauss/gromacs/bin/mdrun_mpi_d ......,在namehosts中我写入了两台机子的节点名称),又报错ssh: connect to host 2 port 22: Network is unreachable p0_21335: p4_error: Child process exited while making connection to remote process on 2: 0 Killed by signal 2. p0_21335: (4.222656) net_send: could not write to fd=4, errno = 32 这回不知道是什么原因了!还请高手们指教!谢谢! |
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