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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 序列提交问题
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1muchong0

银虫 (初入文坛)

[求助] 序列提交问题 已有3人参与

我测完16SRNA后，用sequin提交时遇到个问题，说我没有微生物名字，怎么解决啊。谢谢了。

序列提交问题
sshot-1.png
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1楼 2016-01-21 20:14:31
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sxjcas

禁虫 (知名作家)
本帖内容被屏蔽
2楼2016-01-21 23:50:58
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sachiqian66

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
2楼: Originally posted by sxjcas at 2016-01-21 23:50:58
你用16s不就是为了鉴定菌种吗？你要是知道何必鉴定呢？
应该用ncbi blast吧！

我也是刚测完16SRNA，请问结果如何在NCBI上比对啊？

发自小木虫IOS客户端
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3楼2016-02-24 14:48:24
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love笨小孩

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

测序完成后，还要将序列拼接在一起，拼接完成后去NCBI比对一下，然后就知道了
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4楼2016-02-25 10:49:47
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fudan671

木虫 (著名写手)
ncbi blast

发自小木虫IOS客户端
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5楼2016-02-27 07:52:53
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烟雨潇潇1021

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

在序列前加大于号>，后面加入你编辑的菌种的名称，可以先随便取个名字，下一行接测出来的序列。例，>CCN1011
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6楼2016-03-07 16:48:24
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烟雨潇潇1021

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by sachiqian66 at 2016-02-24 14:48:24
我也是刚测完16SRNA，请问结果如何在NCBI上比对啊？
...

NCBI，BLAST（http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi），选中nucleotide blast，然后输入序列BLAST就行了。
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7楼2016-03-07 16:52:37
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