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woziyuan

铜虫 (初入文坛)

[求助] 请问:用454核糖体RNA基因测序,能不能把土壤细菌(或真菌)分类到种的水平? 已有3人参与

请问一下大家:用454核糖体RNA基因测序,能不能把土壤细菌(或真菌)分类到种的水平?
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control
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崔士元

金虫 (正式写手)

测序得到的reads到数据库比对,数据库中能比对到就可以鉴定到种,如果数据库没有这个序列,估计只能找相似性高的属

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» 本帖已获得的红花(最新10朵)

男人,就要对自己狠一点!
2楼2016-01-16 23:10:45
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liuhaolin3

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
woziyuan: 金币+10, ★★★很有帮助 2016-01-18 22:31:33
二代测序技术不行,三代测序技术可以,到错误率太高!

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2016-01-17 01:04:19
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juliusluan78

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
可以,但太不准确,大多是400bp左右的序列,尤其是真菌,更不准确

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

坚持就是胜利
4楼2016-01-17 09:41:17
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美亿美生物

捐助贵宾 (职业作家)

技术服务-实验代做


【答案】应助回帖

商家已经主动声明此回帖可能含有宣传内容
感谢参与,应助指数 +1
目前获得的序列,有个局限性是看库里面有没有。序列越长,就可以好的对应到

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

5楼2016-01-18 11:03:46
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woziyuan

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 崔士元 at 2016-01-16 23:10:45
测序得到的reads到数据库比对,数据库中能比对到就可以鉴定到种,如果数据库没有这个序列,估计只能找相似性高的属

好的,谢谢指教!!
control
6楼2016-01-18 22:30:40
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woziyuan

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by liuhaolin3 at 2016-01-17 01:04:19
二代测序技术不行,三代测序技术可以,到错误率太高!

好的,谢谢指教!
control
7楼2016-01-18 22:31:15
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woziyuan

铜虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by juliusluan78 at 2016-01-17 09:41:17
可以,但太不准确,大多是400bp左右的序列,尤其是真菌,更不准确

好的,谢谢指教!
control
8楼2016-01-18 22:32:30
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woziyuan

铜虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by 美亿美生物 at 2016-01-18 11:03:46
目前获得的序列,有个局限性是看库里面有没有。序列越长,就可以好的对应到

好的,谢谢指教!
control
9楼2016-01-18 22:33:01
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woziyuan

铜虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 崔士元 at 2016-01-16 23:10:45
测序得到的reads到数据库比对,数据库中能比对到就可以鉴定到种,如果数据库没有这个序列,估计只能找相似性高的属

好的,谢谢指教!
control
10楼2016-01-18 22:33:19
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