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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 在输入文件中反应物与产物如何联系起来
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thegreenworld

木虫 (正式写手)

[交流] 在输入文件中反应物与产物如何联系起来

在输入文件中反应物与产物的标题和分子说明如何联系起来。找过度态。

最好有个画面。实例，谢谢
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1楼 2008-09-30 09:20:00
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niliu

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
thegreenworld(金币+3,VIP+0):感谢您的帮助。但我还有问题
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
#p hf/3-21g opt=qst2 test

Gaussian Test Job 302:
reactant SiH2 +H2 -> SiH4 ts with constrained transition vector

0 1
Si  
X   1   1.0
H   1   hs   2   as
H   1   hs   2   as   3   180.0
H   1   hs5  2   hsx0   3   90.0
H   1   hs6  5   hsh0   2   180.0

hs     1.48
as     55.0
hs5    2.00
hs6    2.00
hsx0   80.0
hsh0   22.0

product SiH2 +H2 -> SiH4 ts with constrained transition vector

0 1
Si  
X   1   1.0
H   1   hs   2   as
H   1   hs   2   as   3   180.0
H   1   hs5  2   hsx0   3   90.0
H   1   hs6  5   hsh0   2   180.0

hs      1.48
as      55.0
hs5     1.48
hs6     1.48
hsx0    125.2
hsh0    109.5
赞一下(11人) 回复此楼
2楼2008-09-30 13:04:18
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niliu

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
#p hf/3-21g nosymm opt=qst3 freq test

Gaussian Test Job 309:
reactant CH3+HF -> CH4 + F ts with constrained transition vector

0 2
C
H  1  ch0
H  1  ch  2  a1
H  1  ch  2  a1  3  120.
H  1  ch  2  a1  3  -120.
X  2  1.0 1  90.0  3  180.0
F  2  hf  6  90.0  1  180.0

ch0   2.0
hf    0.92
a1    90.0
ch    1.08  

product CH3+HF -> CH4 + F ts with constrained transition vector

0 2
C
H  1  ch0
H  1  ch  2  a1
H  1  ch  2  a1  3  120.
H  1  ch  2  a1  3  -120.
X  2  1.0 1  90.0  3  180.0
F  2  hf  6  90.0  1  180.0

ch0      1.08   
hf       2.0   
a1       109.48
ch       1.08

ts CH3+HF -> CH4 + F ts with constrained transition vector

0 2
C
H  1  ch0
H  1  ch  2  a1
H  1  ch  2  a1  3  120.
H  1  ch  2  a1  3  -120.
X  2  1.0 1  90.0  3  180.0
F  2  hf  6  90.0  1  180.0

ch0   1.25  
hf    1.25  
a1    100.  
ch    1.08
赞一下(10人) 回复此楼
3楼2008-09-30 13:04:33
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thegreenworld

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
zzgyb(金币-5,VIP+0):代扣奖给帮助者
感谢上楼的回答，首先请版主给上楼的加5个金币，另外上楼的帖子中有些不是很明确，还想问一问


#p hf/3-21g nosymm opt=qst3 freq test

Gaussian Test Job 309:
reactant CH3+HF -> CH4 + F ts with constrained transition vector

0 2                                               以下是不是CH3和HF几何优化完分子说明
H  1  ch0
H  1  ch  2  a1
H  1  ch  2  a1  3  120.
H  1  ch  2  a1  3  -120.
X  2  1.0 1  90.0  3  180.0
F  2  hf  6  90.0  1  180.0

ch0   2.0
hf    0.92
a1    90.0
ch    1.08  

product CH3+HF -> CH4 + F ts with constrained transition vector 是不是 CH4 + F 几何优化完分子说明

0 2
C
H  1  ch0
H  1  ch  2  a1
H  1  ch  2  a1  3  120.
H  1  ch  2  a1  3  -120.
X  2  1.0 1  90.0  3  180.0
F  2  hf  6  90.0  1  180.0

ch0      1.08   
hf       2.0   
a1       109.48
ch       1.08

ts CH3+HF -> CH4 + F ts with constrained transition vector   是不是过渡态搜索，那以下结果有是什么
0 2
C
H  1  ch0
H  1  ch  2  a1
H  1  ch  2  a1  3  120.
H  1  ch  2  a1  3  -120.
X  2  1.0 1  90.0  3  180.0
F  2  hf  6  90.0  1  180.0

ch0   1.25  
hf    1.25  
a1    100.  
ch    1.08

能否给于解答谢谢

[ Last edited by thegreenworld on 2008-9-30 at 13:22 ]
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4楼2008-09-30 13:21:44
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niliu

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
QST2只要优化好的的reactant和product
QST3还要有一个猜测的过渡态---ts
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5楼2008-09-30 13:30:52
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thegreenworld

木虫 (正式写手)
这个我知道。
怎样实现产物和反应物的连接呢。如何操作gauss 实现反应过程
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6楼2008-09-30 14:53:17
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thegreenworld

木虫 (正式写手)
Gaussian Test Job 309:
reactant CH3+HF -> CH4 + F ts with constrained transition vector

0 2                                               以下是不是CH3和HF几何优化完分子说明
H  1  ch0
H  1  ch  2  a1
H  1  ch  2  a1  3  120.
H  1  ch  2  a1  3  -120.
X  2  1.0 1  90.0  3  180.0
F  2  hf  6  90.0  1  180.0
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7楼2008-09-30 15:13:22
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sunlong@

#p opt=(ts,noeigen) freq ub3lyp/3-21g*
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8楼2008-09-30 15:15:49
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niliu

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
thegreenworld(金币+1,VIP+0):感谢您的帮助。但我还想问一下虚原子是怎么一回事，我看了一下使用手册，不是很明白。非常希望你的帮助。
zzgyb(金币+5,VIP+0):谢谢你的参与，楼主奖励你，欢迎再次光临计算模拟版！
引用回帖:
Originally posted by thegreenworld at 2008-9-30 15:13:
Gaussian Test Job 309:
reactant CH3+HF -> CH4 + F ts with constrained transition vector

0 2                                               以下是不是CH3和HF几何优化完分子说明
H  1  ch0
H   ...

是的
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9楼2008-09-30 22:40:57
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