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abbott

金虫 (著名写手)

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[交流] 【求助】How to run G03 Efficiently? Personal Experience

高效率执行高斯运算
                              -----高斯计算任务的内存分派
所依据的工具,G03自带的工具freqmem
在我所使用的机器上,碰到以下两种使用方法:

1
freqmem natoms nbasis r|u c|d functions

各参数意义如下:

natoms         分子系统内的原子数目
nbasis          所用基底函数组内的函数总数
r|u             r 表示填满状态,u 表示未填满状态
c|d              c 表示传统方法,d 表示直接方法
functions      选用的基底函数类型(sp,spd,spdf 等等)


下面的是一个使用范例:

$ freqmem 113 361 r d sp

RHF direct frequencies with sp functions:

One pass requires 44.80 megawords.

输出数据显示这程序需要大约 360 MB 内存容量才能一次处理频率计算工作。


2

Usage:  freqmem number-of-atoms number-of-basis-functions rhf/uhf conventional/direct sp/spd/spdf

参数的意义和上面的几乎一致。

其中:

    conventional: 类似于经验算法

    direct: 直接接薛定谔方程,直接解约化矩阵。


看到过一篇文章,讲的是如何高效的执行G03运算的。

上面特别的提到,对于G03计算任务,分配的内存一定要足够,否则运行效率将十分低下;

但是所分派的内存也不要认为是越大越好,如同高斯的官方技术资料说的一样,enough memory, but not more.

如果分派的内存过多,也会导致计算效率十分低下。


一个体系的合适的内存容量,取决于计算的方法和使用的基组的大小。

可以采用上面的工具来大致的估算。

这样才能保证G03的高效的运行。


内存量一定要足够,但不能太多!Enough but NOT more!!!


这个也是我个人目前得到的一点点经验,如果有不对的地方,请大家多多指正,一起交流共同成长!

欢迎大家拍砖!!!

更详尽的内容可以参考:
http://www.gaussian.com/g_ur/m_eff.htm

期待指正:abbott.cn@gmail.com

[ Last edited by mingdong on 2009-9-13 at 18:54 ]
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Chemistry[]==[]Chem[]is[]try!!!
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weishenme

金虫 (小有名气)

是的,分配多了确实会慢,以前不知道这么干过,后来干脆不分配,它爱用多少用多少。
2楼2008-10-01 08:22:51
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