| 查看: 1280 | 回复: 0 | |||
[交流]
#数据库#lncRNASNP: 一个研究其中SNP以及它们在人类和小鼠中的潜在功能数据库
|
|
相关疾病： 长非编码RNA（lncRNA）可以在各种细胞背景下，各种疾病中，以各种机制发挥关键作用。随着人们发现的lncRNA和单核苷酸多态（SNP）数量快速增长，研究lncRNA中的SNP势在必行。为了提供一个有用的资源，我们系统地识别了lncRNA中的SNP并分析了它们对lncRNA结构和功能的潜在影响。最终，我们得到了人类和小鼠中超过30000个lncRNA的SNP，分别有495729和777095个。大量SNP被预测有影响miRNA-lncRNA互作的可能。我们还整合了实验证实的靶向关系，保守的靶向关系和TCGA中miRNA的表达来最优化miRNA-lncRNA在结合位点的互作情况。此外，通过将SNP映射到GWAS结果上，我们发现有142个人类lncRNA SNP是GWAS的tagSNP，还有197827个lncRNA SNP在GWAS连锁不平衡区域。所有的这些数据都放在lncRNASNP数据库中，并分为两部分（小鼠和人类）。lncRNASNP提供用户友好的界面来查询SNP，lncRNA和miRNA。 Web Interface 所有数据被整合到MySQL表中。lncRNA转录本ID，miRNA ID和SNP ID作为连接各表的主键。通过Ruby on Rails框架建立lncRNASNP网站。我们设计了几个用户友好的输入框来使得数据获取更为便利。右上角的快速搜索框可以输入lncRNA转录本ID，miRNA ID，SNP ID甚至是选定的基因组位置。  主页也提供了高级搜索，可以通过不同的关键字和一列ID来查询。 由于lncRNASNP数据库包含了人类和小鼠的数据，我们将其分为两部分，lncRNASNP-human和lncRNASNP-mouse。这两个分数据库都有三个主要标签，SNP，lncRNA和miRNA。  SNP标签下储存了所有lncRNA中的SNP和它们的详细信息。这一部分的数据包含①SNP的基本信息②SNP对于二级结构的影响和③SNP对miRNA-lncRNA互作的影响。对于lncRNASNP-human，这部分也包含了GWAS LD区域的SNP和相关的GWAS信息。 由于SNP列表实在太过庞大，我们建立了四个选项来优化SNP选择。第一个选项是‘position’，允许用户在自定义的染色体区域内查询SNP。第二个选项是‘GMAF’，可以帮助用户以最小等位频率筛选结果。这一项对于关联分析中使用的样本大小有重要的意义。用户也可以把查询的SNP限制在GWAS区域之内，或是只选择影响miRNA-lncRNA互作的SNP。结合上述选项，用户可以迅速找到感兴趣的多态位点。  lncRNA标签下提供了lncRNA的信息。用户通过点击特定的lncRNA即可查看其基本信息，与其相关的SNP，miRNA结合位点和SNP带来的结合位点增加/缺失。  在‘Basic information’部分，我们提供了lncRNA基因的保守信息，数据来源于Necsulea et al.的研究和lncRNAtor数据库。 在‘miRNAs binding to lncRNA’部分，可能与此lncRNA结合的miRNA以有颜色的小块呈现，不同的颜色代表不同的靶向类型（是否保守，是否有实验支持，以及miRNA表达水平）  在‘miRNAsbinding to lncRNA’部分，可能与此lncRNA结合的miRNA以有颜色的小块呈现，不同的颜色代表不同的靶向类型（是否保守，是否有实验支持，以及miRNA表达水平）  miRNA标签使得用户可以通过表达来选择miRNA，得到靶向的lncRNA及由SNP带来的结合位点增加/缺失。在这一部分，miRNA根据表达不同被分为四类，高表达(RPM≥1000)，表达适中(10≤RPM< 1000)，低表达(1≤RPM<10)和不表达(RPM<1)。对于每个人类miRNA，我们也在‘basic information of miRNA’部分提供了其在28种类型癌症中的表达水平。  欢迎云生信微信公众平台 ，共同探讨生物信息学知识，一起进步！  |
回复此楼» 猜你喜欢
含氟糖皮质激素的外用抗炎利器醋酸氟轻松
已经有0人回复
-
阿莫奈韦（Amenamevir）：解旋酶-引物酶靶向分子的结构特征与合成路径全解析
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有297人回复
-
利瑞鲁单抗：靶向KIR的NK细胞检查点工具抗体，结构基础与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Wnt-C59：PORCN靶向化学探针，Wnt信号通路阻断机制与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Fexaramine：肠道限制性FXR化学探针，结构特征与信号通路研究全解析
已经有0人回复
-
NVS-STG2：靶向STING跨膜域的分子胶类激动剂，结构特征与寡聚化机制研究全解析
已经有0人回复
-
DOTA-GPC3肽（CAS 3066439-94-6）：双功能分子探针前体的结构特征与标记应用解析
已经有0人回复
-
科研用 TLR7/8 双激动剂怎么选？现货与质控要点
已经有0人回复
-
SEL120-34A HCl：CDK8/CDK19高选择性激酶抑制剂
已经有0人回复
