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QIIME做OTU分析去除嵌合体出错
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我用Virtualbox 5.0.12，装的QIIME-1.9.1-amd64，做OTU分析。 在做第一步去嵌合体时，用了以下命令：identify_chimeric_seqs.py -i trim.fasta -m usearch61 -o check_chimeras -r /home/qiime/diversity/analysis/silva.gold.ng.fasta 注：我已经将silva.gold.ng.fasta放在了analysis文件夹了。 结果运行后出现下列错误： Traceback (most recent call last): File "/usr/local/bin/identify_chimeric_seqs.py", line 354, in <module> main() File "/usr/local/bin/identify_chimeric_seqs.py", line 350, in main threads=threads) File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/qiime/identify_chimeric_seqs.py", line 774, in usearch61_chimera_check log_lines, verbose, threads) File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/qiime/identify_chimeric_seqs.py", line 891, in identify_chimeras_usearch61 consout_filepath=output_consensus_fp) File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/bfillings/usearch.py", line 2280, in usearch61_smallmem_cluster app_result = app() File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/burrito/util.py", line 285, in __call__ 'StdErr:\n%s\n' % open(errfile).read()) burrito.util.ApplicationError: Unacceptable application exit status: 139 Command: cd "/home/qiime/diversity/analysis/check_chimeras/"; usearch61 --maxaccepts 1 --consout "/home/qiime/diversity/analysis/check_chimeras/trim.fasta_consensus_with_abundance.fasta" --usersort --id 0.97 --sizeout --minseqlength 64 --wordlength 8 --uc "/home/qiime/diversity/analysis/check_chimeras/trim.fasta_consensus_with_abundance.uc" --cluster_smallmem "/home/qiime/diversity/analysis/trim.fasta" --maxrejects 8 --strand plus --log "/home/qiime/diversity/analysis/check_chimeras/trim.fasta_smallmem_clustered.log" > "/tmp/tmpHO5kHDhuaxiCdEO1ZTPT.txt" 2> "/tmp/tmpuuaVrSi6Xn7UsQa60jl0.txt" StdOut: StdErr: Segmentation fault 结果只在analysis文件夹下面生成了check_chimeras文件夹，但是check_chimeras文件夹里面没能生成chimeras.txt文件。 |
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kshdd
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