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454126857wcl

新虫 (小有名气)

[求助] 扫描二面角已有2人参与

扫描一个二面角的势能 gjf图见附件
%chk=1230_2scan
%mem=1GB
%nprocshared=4
#p b3lyp/gen Pseudo opt=Modredundant freq=noraman

BCOT ts

0 1
C                 -2.91818300   -0.79143600   -1.74671400
O                 -3.12193900   -1.44228900   -0.69177700
O                 -1.97846900    0.04456700   -1.96766800
C                 -3.87492200   -0.99460500   -2.89043700
H                 -3.31724800   -1.26526300   -3.79394100
H                 -4.40004500   -0.05561900   -3.10123100
H                 -4.60010700   -1.77592700   -2.65052500
C                  0.42216400   -2.15463900   -0.81973500
O                 -0.50629100   -2.62932500   -0.11862400
O                  0.63611700   -0.92512000   -1.08115900
C                  1.41234800   -3.13476300   -1.38879200
H                  2.27244400   -3.20254800   -0.70917500
H                  1.77547300   -2.80076500   -2.36581300
H                  0.95685700   -4.12588900   -1.46497500
C                  0.50191200   -0.06315700    2.19497200
O                 -0.27371900   -1.04665800    2.30579300
O                  0.48495000    0.82359300    1.27621600
C                  1.57476200    0.11972700    3.23106200
H                  1.46775900    1.10536900    3.69966400
H                  2.55483500    0.09838300    2.73497600
H                  1.51651700   -0.66150200    3.99281900
C                 -2.92752600    1.28126400    1.34808400
O                 -2.94452200    0.11230900    1.80375400
O                 -2.18540100    1.72714700    0.40922100
C                 -3.87696800    2.28407500    1.94391000
H                 -4.57685400    2.62761600    1.17316600
H                 -3.32074000    3.16083100    2.29356300
H                 -4.43394000    1.83763300    2.77122600
Rh                -1.76115000   -1.32442400    0.88256300
Rh                -0.70289200    0.51067500   -0.39981000
C                  2.19862000    2.52709700   -0.20383800
C                  3.00441700    3.36742400    0.72243800
H                  4.02998600    3.51956100    0.36033000
H                  2.53307700    4.33771200    0.90929400
H                  3.09416700    2.82611900    1.67568900
C                  2.81193100    1.26078100   -0.62682900
C                  2.75127400    0.85164600   -1.95794400
C                  4.15498400   -0.49212500   -0.09129100
C                  3.45831700   -0.28240400   -2.34382000
H                  2.18461400    1.43113200   -2.68159300
C                  4.18516400   -0.98335900   -1.39864000
H                  3.43970600   -0.61545600   -3.37989100
H                  4.75487200   -1.87609900   -1.64309800
N                  3.53644200    0.59448600    0.29317500
Cl                 5.02654500   -1.38698100    1.14185100
C                  1.00885400    2.96493300   -0.71059300
H                  0.78436600    4.03282800   -0.57750000
C                 -0.04389400    2.18997500   -1.26497200
C                 -1.01317000    2.88246000   -2.14167600
H                 -1.92623600    3.06242100   -1.54983100
H                 -0.64936800    3.84172100   -2.53834600
H                 -1.33094700    2.22257300   -2.95953600

46  41  31  36  S  10  15.0

C  H  O  N  Cl  0
6-31G(d)
****
Rh 0
LANL2DZ
****

Rh 0
LANL2DZ

想要固定住46 41 号原子 然后N杂苯环绕着41—31的CC单键旋转 每扫描一次 二面角增加15度 但编辑的文件得到结果不能固定住46 41号原子  且二面角变化的度数很小

求专业人士给予解答

扫描二面角
2.png
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生物 医药
1楼2016-01-04 20:56:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

adarain6

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这样的扫描，我认为可以这么做。根据构建分子软件，建立一系列 N杂苯环绕着41—31的CC单键旋转 的分子构型，然后做部分优化。根据得到的一系列能量和角度的关系，整理出数据。
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2楼2016-01-05 14:06:54
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
首先41和31之间并没有CC单键，而41,36,31并不在一条直线上。所以我觉得你是不是要绕着31-36键转动。
然后在这个基础上，你的二面角选取有问题，我的选择是44 36 31 46，这样一来就是苯环就绕着31-36转了，只不过31号原子所属部分也会转，然后我再固定46号原子。目前我在算，至少出来两个点，看一下转动方向是否正确，你这个体系比较大，我单机耗时比较长。如果你的机子快，也可以自己尝试下。
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3楼2016-01-05 14:38:49
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

454126857wcl

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2016-01-05 14:38:49
首先41和31之间并没有CC单键，而41,36,31并不在一条直线上。所以我觉得你是不是要绕着31-36键转动。
然后在这个基础上，你的二面角选取有问题，我的选择是44 36 31 46，这样一来就是苯环就绕着31-36转了，只不过31 ...

对 是绕着31-36转  我希望就是苯环在转但其他原子固定不动 您能否把你编辑的文件复制给我看一下  我这边机子快
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生物 医药
4楼2016-01-05 19:49:07
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454126857wcl

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2016-01-05 14:38:49
首先41和31之间并没有CC单键，而41,36,31并不在一条直线上。所以我觉得你是不是要绕着31-36键转动。
然后在这个基础上，你的二面角选取有问题，我的选择是44 36 31 46，这样一来就是苯环就绕着31-36转了，只不过31 ...

我将原图中苯环的氮原子转到与48号碳原子同侧（第一个图）构型优化后直接得到中氮茚（第二个图）调二面角时是固定46号原子 然后转动杂环的
扫描二面角-1
1.png


扫描二面角-2
2.png
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生物 医药
5楼2016-01-05 20:05:29
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
454126857wcl: 金币+15, ★★★★★最佳答案 2016-01-06 14:42:37
引用回帖:
4楼: Originally posted by 454126857wcl at 2016-01-05 19:49:07
对 是绕着31-36转  我希望就是苯环在转但其他原子固定不动 您能否把你编辑的文件复制给我看一下  我这边机子快...

H                 -1.33094700    2.22257300   -2.95953600

44 36 31 46  S  10  15.0
46 F

C  H  O  N  Cl  0
6-31G(d)

我就改动了冗余内坐标的那部分，其他没动。
目前算了3个点我停掉了，看上去是只有苯环在转，你自己再算算看
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6楼2016-01-06 07:13:16
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