| 查看: 2174 | 回复: 6 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
维特的日记木虫 (小有名气)
|
[交流]
分子模拟编程时周期性边界条件处理问题
|
||
|
本人最近想自己编写一些简单的程序来跑分子动力学过程，加深对理论知识的学习。考虑周期性边界条件时计算力，如果两个原子之间距离大于盒子的1/2了，则需要变成计算与镜像里原子的距离了，也就是原子之间的距离要减去1/2的盒子长度，这是为啥？如果不这样做，有啥问题呢？ 下面这段介绍周期性边界里原子之间的cutoff不能超过盒子最短边的一半，这是为啥？还有后面说的如果两个原子之间的距离如果接近盒子长度，却存在关系，将会出现所谓的spurious effects。这是啥意思呢？他举了个例子。 Although not an issue in this particular case, the use of periodic boundaries limits the interaction range to no more than half the smallest region dimension – in practice the range is generally much less. Long-range forces require entirely different approaches that will be described in Chapter 13. Problems can also arise if there are strong correlations between atoms separated by distances approaching the region size, because periodic wraparound can then lead to spurious effects. One example is the vibration of an atom producing what are essentially sound waves; the disturbance, if not sufficiently attenuated, can propagate around the system and eventually return to affect the atom itself. |
回复此楼» 猜你喜欢
全日制（定向）博士
已经有5人回复
-
假如你的研究生提出不合理要求
已经有10人回复
-
萌生出自己或许不适合搞科研的想法，现在跑or等等看？
已经有4人回复
-
Materials Today Chemistry审稿周期
已经有4人回复
-
参与限项
已经有3人回复
-
实验室接单子
已经有4人回复
-
对氯苯硼酸纯化
已经有3人回复
-
求助:我三月中下旬出站，青基依托单位怎么办？
已经有12人回复
-
所感
已经有4人回复
-
要不要辞职读博？
已经有7人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 注册化学工程师考试简单介绍
已经有68人回复
- 注册化工工程师须知
已经有23人回复
- 【求助】纳米管道边界问题
已经有5人回复
维特的日记
木虫 (小有名气)
- 应助: 7 (幼儿园)
- 金币: 3809.9
- 红花: 2
- 帖子: 168
- 在线: 55.5小时
- 虫号: 3159711
- 注册: 2014-04-24
- 专业: 工程热物理相关交叉领域
3楼2015-12-29 17:02:52
chuntao118
新虫 (著名写手)
- 应助: 93 (初中生)
- 金币: 2590.9
- 散金: 1402
- 红花: 25
- 帖子: 1611
- 在线: 241.2小时
- 虫号: 1791567
- 注册: 2012-05-02
- 专业: 计算数学与科学工程计算
2楼2015-12-29 09:28:44
4楼2015-12-29 20:07:32
维特的日记
木虫 (小有名气)
- 应助: 7 (幼儿园)
- 金币: 3809.9
- 红花: 2
- 帖子: 168
- 在线: 55.5小时
- 虫号: 3159711
- 注册: 2014-04-24
- 专业: 工程热物理相关交叉领域
5楼2015-12-29 20:55:57