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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 关于引物设计中Tm的问题
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neuwzz

[交流] 关于引物设计中Tm的问题

初学引物设计，看了些相关的文章，对引物的Tm有些疑惑，希望有人指教
在有的文章中说Tm值一般控制在55-60度，有的是55-65度，再有的说接近72度比较好，而有的实验室设计在50度左右
想问下为什么有这么大的差别？
是不是引物的温度并不重要，还是其他什么原因？
那真正要设计引物的时候该怎么办？
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1楼 2008-09-25 20:46:44
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
★
neuwzz(金币+1,VIP+0):谢谢
退火温度越高，特异性越高
当然也不用高到太过分的说，这是很难设计出来的
引物越长，GC比越高，退火温度也越高
当然越长也越有较高几率形成dimer
权衡利弊吧
但一般不要低于50
也就是Tm最好不小于55
不过还是看你的具体应用，无视杂带影响，那么只要和dimer分开就好
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2楼2008-09-25 20:57:36
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neuwzz

谢谢楼上
不过看到一本书上说通常退火温度是37-55度
但是这样一来Tm不是40多度就可以了么
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3楼2008-09-25 21:09:03
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bluesea1026

★
neuwzz(金币+1,VIP+0):谢谢
一般都用Oligo软件设计，Tm在60℃附近；引物由公司合成回来后，报告单上也会给出一个Tm值，一般和设计时接近。
如果您是从质粒上扩增，大可不必担心，不要loop值太高（比如94℃什么的），一般一定范围内浮动都是可以扩增出来的。
调基因或者其他用途就要尽量严格了。
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4楼2008-09-25 21:11:06
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neuwzz

引用回帖:
Originally posted by bluesea1026 at 2008-9-25 21:11:
一般都用Oligo软件设计，Tm在60℃附近；引物由公司合成回来后，报告单上也会给出一个Tm值，一般和设计时接近。
如果您是从质粒上扩增，大可不必担心，不要loop值太高（比如94℃什么的），一般一定范围内浮动都是 ...

不过老师让我们用dnaclub设计 要求的Tm是45度左右
是不是这个软件计算的Tm比其他软件偏低的原因呢
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5楼2008-09-25 21:15:48
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
★
neuwzz(金币+1,VIP+0):继续感谢
Tm有很多种计算方式的
但都是经验公式
没有所谓的哪个准或者不准
一般primer 5给出的Tm减5度就可以出来
注意，Tm是半数复性温度，而不是等于退火温度
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6楼2008-09-25 21:32:47
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neuwzz

发现相同引物dnaclub得出的Tm比Primer5小很多
以后做实验得注意
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7楼2008-09-25 21:44:43
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