| 查看: 1220 | 回复: 5 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
求助Python大神
|
||
|
本人做的是分子动力学模拟，现在要将两个文件格式转化一下，目前从网上下载了一段Python脚本，怎么改也无法对自己的两个文件进行处理，现在求助Python大神帮忙。 下面贴上程序 #!/usr/bin/python # This script converts a CHARMm psf file to a NAMD (= XPLOR) psf file. # USAGE: charmm2namd psf-file rtf-file # # EPF 04-04-2000 # import sys,struct,os,time if len(sys.argv) < 3: sys.stderr.write ("USAGE: charmm2namd psf-file rtf-file > psf-file\n"  sys.stderr.write (" The rtf-file must contain the correct MASS entries for all\n" sys.stderr.write (" atom types present in the psf-file.\n" os._exit(0) psffile = sys.argv[1] rtffile = sys.argv[2] # Read the MASS entries from the rtf-file. f=open(rtffile) buffer = " " potentials = [] while buffer != "": buffer = f.readline() if buffer != "": if buffer[0:4] == "MASS": potentials.append(buffer.split(None,4)) f.close() # Now open the psf file and do the conversion of the potential types. f=open(psffile) buffer = f.readline() # search for the line stating number of title lines while buffer != "" and "!NTITLE" not in buffer: sys.stdout.write(buffer) buffer = f.readline() titlelines = int(buffer[:buffer.find("!NTITLE" ] )print '%8d !NTITLE' % (titlelines+1) # The title lines for i in range(titlelines): buffer = f.readline() sys.stdout.write(buffer) # add extra title line print '* Converted to NAMD format using '+rtffile+' on '+time.ctime(time.time()) # search for the line stating number of atoms while buffer != "" and "!NATOM" not in buffer: buffer = f.readline() sys.stdout.write(buffer) numofatoms = float(buffer[:buffer.find("!NATOM" ] )j = 0; while buffer != "": buffer = f.readline() if buffer != "" and j < numofatoms: line = buffer.split(None) # now search through potential list oldpot = line[5] for p in potentials: if p[1] == line[5]: line[5] = p[2] if oldpot == line[5]: sys.stderr.write('\nFatal error: no potential for atom type '+oldpot+'\n\n' ) os._exit(0) linetuple=(int(line[0]),line[1],line[2],line[3],line[4],line[5],float(line[6]),float(line[7]),int(line[8]) ) psfline = ' %5d %-4s %-4s %-4s %-4s %4s %9.6f %8.4f %d' % linetuple print psfline j += 1 else: sys.stdout.write(buffer) f.close() sys.stderr.write('\nConverted '+str(j)+' atoms.\n\n' )  这是我要处理的两个文件 |
回复此楼» 猜你喜欢
材料复试求调剂
已经有24人回复
-
材料相关专业344求调剂双非工科学校或课题组
已经有14人回复
-
327求调剂
已经有11人回复
-
288求调剂，一志愿华南理工大学071005
已经有20人回复
-
有没有学校材料专业收跨调(一志愿085410)
已经有16人回复
-
各位老师好，求调剂，本科211，一志愿天津大学生物与医药学硕，差两名录取。
已经有5人回复
-
化工学硕294分，求导师收留
已经有23人回复
-
271求调剂
已经有34人回复
-
297求调剂
已经有23人回复
-
材料工程281还有调剂机会吗
已经有33人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 球墨铸铁中石墨随机分布建模
已经有0人回复
- 求助numeca design 3D 单级优化的问题
已经有1人回复
- 树莓派问题 请教大神
已经有4人回复
- pythonreader软件求助
已经有2人回复
- Python语言求助
已经有4人回复
- python求助
已经有1人回复
- phonopy运行出错，求助！！
已经有2人回复
- python编程求助
已经有6人回复
- 求助安装Calypso_3.1!!!
已经有0人回复
- 求助fortran打开多个文件
已经有2人回复
- 求助phonopy的安装
已经有3人回复
3楼2015-12-25 17:10:45
2楼2015-12-25 17:09:32
4楼2015-12-25 17:13:12
5楼2015-12-26 13:14:23
