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jissrain金虫 (小有名气)
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[交流]
【求助】请教amber两个基本问题
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一个是如何确定质子化的pH 我实在++H网站上做的his的质子化 这个pH一开始是根据文献中溶液的pH6.5确定的 后来看文献 别人用的是8 说是因为这个状态下最为稳定 （不包括重要残基的那些质子化） 请问一下如何确定pH呢？ 会不会对结果有很大的影响 第二个是如何分析out文件的能量 温度 压力等 我们的amber没有装process-mdout 请教一下大家应该怎么分析呢 还想求一些关于ptraj的输入文件 看manual看的有点糊涂 想找些具体的例子看看 十分感谢啊 我是菜鸟 希望大家多多指教 |
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