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华人女科学家Nature子刊发文 新工具发现癌细胞内复杂突变
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一项发表在国际学术期刊Nature Medicine上的最新研究表明，目前用于基因组分析的方法在检测癌症病人的肿瘤时常会错失一类特定的复杂突变。这些复杂突变也存在于一些“明星”癌基因当中，了解这些突变就可以使用现有药物进行靶向治疗，或将增加获益癌症病人的数量。 文章作者Li Ding博士说道：“无法在病人的肿瘤中捕捉到可靶向的突变是一个非常可怕的问题，由于传统方法在分析过程中常常会错失一些特定类型的基因错误，因此我们开发了一种软件工具用于弥补这一问题。我们已经在一些重要的癌基因中鉴定出许多类似的突变。发现癌基因中这些被错失的突变对于癌症研究和临床应用都有非常重要的意义。” 基因组中发生的突变存在很多形式。最简单的就是DNA密码中的一个“字母”发生改变，而更加复杂的突变则包括几个“字母”的插入和缺失。在这项研究中，科学家们就对插入和缺失突变进行了着重研究。 Ding说道：“由于插入和缺失通常会同时发生，也经常发生于基因组的相同位置，因此我们将这类突变称为inDEL，。捕捉到这类事件的发生是非常困难的，传统的方法只适用于捕获其中一种突变，并不能在相同位置同时捕获两种突变。” 为了找到这些复杂的inDEL，研究人员开发了专门的计算机软件，并利用包含已知突变的基因组序列对这一方法进行了验证。 随后研究人员在已经测序过的癌细胞基因组中进行了寻找，并在一些已知与癌症有关的基因中发现了285个inDEL。大约81%的此类突变在应用传统方法进行分析的过程中被错失掉，另外的18%突变则被错认为其它类型突变。 Li Ding博士着重强调了开发这一工具的重要性：数据表明现有工具基本上无法检测这类复杂inDEL突变，而有些突变会在一些癌基因中经常出现，并非随机突变。对于那些已经开发出靶向治疗药物的基因来说，这种最新方法提供的信息更凸显价值。 研究人员特别指出，他们在EGFR基因中发现了一些复杂inDEL突变，如果病人的EGFR基因中也存在其中一种inDEL突变，那么病人或许就可以接受EGFR抑制剂药物治疗。除此之外，他们还在其他一些“明星”癌基因中发现了类似现象。 这种发现复杂inDEL突变的软件叫做Pindel-C，是基于该研究组之前开发的Pindel软件设计的，目前这两个软件都可以在线免费下载使用。  0.jpg |
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